Mapping histamine H4 receptor–ligand binding modes
Mapping histamine H4 receptor–ligand binding modes
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绘制组胺 H4 受体-配体结合模式
DOI：
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
C. Graaf
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
S. Schultes;S. Nijmeijer;H. Engelhardt;A. Kooistra;H. Vischer;I. D. Esch;E. Haaksma;R. Leurs;C. Graaf
G蛋白偶联受体晶体结构的增多为组胺受体同源模建提供了新的机会。然而，计算预测GPCRs中的配体结合模式，如组胺H4受体(H4R)，一个在炎症中发挥重要作用的受体，仍然是一个具有挑战性的任务。在目前的工作中，我们将互补的电子受体模拟方法与体外配体结构-活性关系(SAR)和蛋白质定点突变研究相结合，以阐明H4R中不同配体类别的结合模式。通过系统地考虑不同的H4R建模模板、配体结合姿势和配体质子化状态，结合对接和MD模拟，我们能够解释配体特定的突变效应和配体SAR中的细微差异。我们的研究证实，理论和实验相结合的方法是绘制配体-蛋白质相互作用图的有效策略。
The increasing number of G protein-coupled receptor (GPCR) crystal structures offers new opportunities for histamine receptor homology modeling. However, computational prediction of ligand binding modes in GPCRs such as the histamine H4 receptor (H4R), a receptor that plays an important role in inflammation, remains a challenging task. In the current work we have combined complementary in silico receptor modeling approaches with in vitro ligand structure–activity relationship (SAR) and protein site-directed mutagenesis studies to elucidate the binding modes of different ligand classes in H4R. By systematically considering different H4R modelling templates, ligand binding poses, and ligand protonation states in combination with docking and MD simulations we are able to explain ligand-specific mutation effects and subtle differences in ligand SAR. Our studies confirm that a combined theoretical and experimental approach represents a powerful strategy to map ligand–protein interactions.
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影响因子：
2.9
作者：
Cocco,L;Groff,JP;TempleJr,C;Montgomery,JA;London,RE;Matwiyoff,NA;Blakley,RL
通讯作者：
Blakley,RL
影响因子：
2.9
作者：
Durrant, Jacob D.;de Oliveira, Cesar Augusto F.;McCammon, J. Andrew
通讯作者：
McCammon, J. Andrew
影响因子：
13.8
作者：
Katritch V;Cherezov V;Stevens RC
通讯作者：
Stevens RC
DOI：
10.1016/s0021-9258(19)36764-x
发表时间：
1992-10
期刊：
The Journal of biological chemistry
影响因子：
--
作者：
I. Gantz;J. Delvalle;L. Wang;T. Tashiro;G. Munzert;Y. Guo;Y. Konda;T. Yamada
通讯作者：
I. Gantz;J. Delvalle;L. Wang;T. Tashiro;G. Munzert;Y. Guo;Y. Konda;T. Yamada
影响因子：
7.3
作者：
de Graaf, Chris;Kooistra, Albert J.;Vischer, Henry F.;Katritch, Vsevolod;Kuijer, Martien;Shiroishi, Mitsunori;Iwata, So;Shimamura, Tatsuro;Stevens, Raymond C.;de Esch, Iwan J. P.;Leurs, Rob
通讯作者：
Leurs, Rob