ATTED-II provides coexpressed gene networks for Arabidopsis.
ATTED-II provides coexpressed gene networks for Arabidopsis.
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DOI：
10.1093/nar/gkn807
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发表时间：
2009-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Kinoshita K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Obayashi T;Hayashi S;Saeki M;Ohta H;Kinoshita K
Http://atted.jp)是一个关于拟南芥基因共表达的数据库，可用于设计各种实验，包括用于功能鉴定或调控关系研究的基因优先顺序。在这里，我们报告了ATTED-II的更新，其重点是关于以下几点的构建基因网络的功能：(I)引入新的基因共表达的测量方法以更准确地检索功能相关的基因，(Ii)为所有基因网络实现可点击的地图以进行逐步导航，(Iii)应用Google Maps API为大型网络创建单个地图，(Iv)包括关于蛋白质-蛋白质相互作用的信息，(V)识别共表达的保守模式，以及(Vi)显示和连接KEGG途径信息以识别功能模块。通过这些增强的基因网络表达功能，ATTED-II可以帮助研究人员阐明拟南芥基因的功能和调控网络。
ATTED-II (http://atted.jp) is a database of gene coexpression in Arabidopsis that can be used to design a wide variety of experiments, including the prioritization of genes for functional identification or for studies of regulatory relationships. Here, we report updates of ATTED-II that focus especially on functionalities for constructing gene networks with regard to the following points: (i) introducing a new measure of gene coexpression to retrieve functionally related genes more accurately, (ii) implementing clickable maps for all gene networks for step-by-step navigation, (iii) applying Google Maps API to create a single map for a large network, (iv) including information about protein–protein interactions, (v) identifying conserved patterns of coexpression and (vi) showing and connecting KEGG pathway information to identify functional modules. With these enhanced functions for gene network representation, ATTED-II can help researchers to clarify the functional and regulatory networks of genes in Arabidopsis.
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