Roundup 2.0: enabling comparative genomics for over 1800 genomes.
Roundup 2.0: enabling comparative genomics for over 1800 genomes.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bts006
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发表时间：
2012-03-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Wall DP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
DeLuca TF;Cui J;Jung JY;St Gabriel KC;Wall DP
摘要：农达是一个包含超过1800个基因组的基因同源物的在线数据库，其中包括226个真核生物，1447个细菌，113个古细菌和21个病毒。使用互反最小距离算法推断出正交。用户可以查询Roundup，查找基于任何基因组组的单链同源基因簇。带注释的查询结果可以以多种方式查看，包括作为同源物簇和作为系统发育概况。基因组结果可以以适合功能和系统发育分析的格式下载，包括最近的OrthoXML标准。此外，基因id可以通过FASTA序列检索检索到。所有源代码和同源词都是免费提供的。可用性：http://roundup.hms.harvard.edu联系方式：dpwall@hms.harvard.edu；todd_deluca@hms.harvard.edu
Summary: Roundup is an online database of gene orthologs for over 1800 genomes, including 226 Eukaryota, 1447 Bacteria, 113 Archaea and 21 Viruses. Orthologs are inferred using the Reciprocal Smallest Distance algorithm. Users may query Roundup for single-linkage clusters of orthologous genes based on any group of genomes. Annotated query results may be viewed in a variety of ways including as clusters of orthologs and as phylogenetic profiles. Genomic results may be downloaded in formats suitable for functional as well as phylogenetic analysis, including the recent OrthoXML standard. In addition, gene IDs can be retrieved using FASTA sequence search. All source code and orthologs are freely available. Availability: http://roundup.hms.harvard.edu Contact: dpwall@hms.harvard.edu; todd_deluca@hms.harvard.edu
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