Phylogenetic analysis of Puumala virus strains from Central Europe highlights the need for a full-genome perspective on hantavirus evolution
Phylogenetic analysis of Puumala virus strains from Central Europe highlights the need for a full-genome perspective on hantavirus evolution
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对来自中欧的普马拉病毒株的系统发育分析凸显了对汉坦病毒进化进行全基因组视角的必要性
DOI：
10.1007/s11262-017-1484-5
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发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
1.6
通讯作者：
Klempa B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Szabó R;Radosa L;Ličková M;Sláviková M;Heroldová M;Stanko M;Pejčoch M;Osterberg A;Laenen L;Schex S;Ulrich RG;Essbauer S;Maes P;Klempa B
普马拉病毒（Puumala virus，PUUV）是中欧和西欧医学上最重要的汉他病毒，由银鼠携带。在这项研究中，分析了2007 - 2012年间收集的523只银行田鼠（408只来自德国，72只来自斯洛伐克，43只来自捷克共和国）是否存在汉坦病毒RNA。从51只田鼠中获得了部分PUUV基因组序列。所有三个基因组片段的系统发育分析表明，新发现的菌株与其他中欧和西欧PUUV菌株聚类。来自捷克共和国舒马瓦（波希米亚森林）的新序列与来自邻近巴伐利亚森林的毒株关系最密切，巴伐利亚森林是已知的汉坦病毒疾病爆发地区。有趣的是，斯洛伐克菌株仅在M而不是S片段分析中与来自波希米亚和巴伐利亚森林的序列聚类。这种拓扑学上的不一致性表明了一个片段的重配事件，或者，当我们只分析了部分序列时，是同源重组。我们的数据强调了对所有三个汉他病毒基因组片段进行测序的必要性，以及不仅在公认的地方性疫源地，而且在没有报告人类汉他病毒病病例的地区进行更广泛的银行田鼠筛查的必要性。
Puumala virus (PUUV), carried by bank voles (Myodes glareolus), is the medically most important hantavirus in Central and Western Europe. In this study, a total of 523 bank voles (408 from Germany, 72 from Slovakia, and 43 from Czech Republic) collected between the years 2007–2012 were analyzed for the presence of hantavirus RNA. Partial PUUV genome segment sequences were obtained from 51 voles. Phylogenetic analyses of all three genome segments showed that the newfound strains cluster with other Central and Western European PUUV strains. The new sequences from Šumava (Bohemian Forest), Czech Republic, are most closely related to the strains from the neighboring Bavarian Forest, a known hantavirus disease outbreak region. Interestingly, the Slovak strains clustered with the sequences from Bohemian and Bavarian Forests only in the M but not S segment analyses. This well-supported topological incongruence suggests a segment reassortment event or, as we analyzed only partial sequences, homologous recombination. Our data highlight the necessity of sequencing all three hantavirus genome segments and of a broader bank vole screening not only in recognized endemic foci but also in regions with no reported human hantavirus disease cases.
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影响因子：
4
作者：
Heyman P;Thoma BR;Marié JL;Cochez C;Essbauer SS
通讯作者：
Essbauer SS
影响因子：
9.4
作者：
Schilling, Stefan;Emmerich, Petra;Meisel, Helga
通讯作者：
Meisel, Helga
影响因子：
1.6
作者：
Mertens, Marc;Kindler, Eveline;Essbauer, Sandra S.
通讯作者：
Essbauer, Sandra S.
影响因子：
16.8
作者：
Biek R;Pybus OG;Lloyd-Smith JO;Didelot X
通讯作者：
Didelot X
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu531
发表时间：
2014-11-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Larsson A
通讯作者：
Larsson A