Biographer: web-based editing and rendering of SBGN compliant biochemical networks.
Biographer: web-based editing and rendering of SBGN compliant biochemical networks.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btt159
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发表时间：
2013-06-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Handorf T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Krause F;Schulz M;Ripkens B;Flöttmann M;Krantz M;Klipp E;Handorf T
动机：在过去的几年中，系统生物学领域知识的快速积累需要先进的，但简单易用的方法，以结构化和易于理解的方式可视化信息。结果如下：我们已经开发了biographer，一个基于网络的渲染器和编辑器的反应网络，它可以作为一个库集成到处理网络相关信息的工具。我们的软件基于新兴的标准系统生物学图形符号实现可视化。它能够导入以各种格式编码的网络，如SBML，SBGN-ML和jSBGN，一种自定义的轻量级交换格式。核心包是用HTML5、CSS和JavaScript实现的，可以在任何基于Web的项目中使用。它具有交互式图形编辑工具和自动图形布局算法。此外，我们还提供了一个独立的图形编辑器和一个Web服务器，其中包含用于导入和导出不同格式的模型和可视化的Web服务等增强功能。可用性：传记作者工具可以在http://biographer.biologie.hu-berlin.de/网站上使用和下载。不同的软件包，包括一个独立于服务器的版本以及一个用于Windows和基于Linux系统的Web服务器，可以在http://code.google.com/p/biographer/上根据开源许可证LGPL获得。联系人：edda. biologie.hu-berlin.de或handorf@physik.hu-berlin.de
Motivation: The rapid accumulation of knowledge in the field of Systems Biology during the past years requires advanced, but simple-to-use, methods for the visualization of information in a structured and easily comprehensible manner. Results: We have developed biographer, a web-based renderer and editor for reaction networks, which can be integrated as a library into tools dealing with network-related information. Our software enables visualizations based on the emerging standard Systems Biology Graphical Notation. It is able to import networks encoded in various formats such as SBML, SBGN-ML and jSBGN, a custom lightweight exchange format. The core package is implemented in HTML5, CSS and JavaScript and can be used within any kind of web-based project. It features interactive graph-editing tools and automatic graph layout algorithms. In addition, we provide a standalone graph editor and a web server, which contains enhanced features like web services for the import and export of models and visualizations in different formats. Availability: The biographer tool can be used at and downloaded from the web page http://biographer.biologie.hu-berlin.de/. The different software packages, including a server-indepenent version as well as a web server for Windows and Linux based systems, are available at http://code.google.com/p/biographer/ under the open-source license LGPL. Contact: edda.klipp@biologie.hu-berlin.de or handorf@physik.hu-berlin.de
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bts270
发表时间：
2012-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
van Iersel MP;Villéger AC;Czauderna T;Boyd SE;Bergmann FT;Luna A;Demir E;Sorokin A;Dogrusoz U;Matsuoka Y;Funahashi A;Aladjem MI;Mi H;Moodie SL;Kitano H;Le Novère N;Schreiber F
通讯作者：
Schreiber F
影响因子：
46.9
作者：
Le Novère, N;Finney, A;Wanner, BL
通讯作者：
Wanner, BL
影响因子：
3
作者：
van Iersel MP;Kelder T;Pico AR;Hanspers K;Coort S;Conklin BR;Evelo C
通讯作者：
Evelo C
影响因子：
14.9
作者：
Bader GD;Cary MP;Sander C
通讯作者：
Sander C
影响因子：
2.4
作者：
Le Novère N
通讯作者：
Le Novère N