DNA Tiling Enables Precise Acylation-Based Labeling and Control of mRNA.
DNA Tiling Enables Precise Acylation-Based Labeling and Control of mRNA.
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DOI：
10.1002/anie.202112106
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发表时间：
2021-12-13
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Kool ET
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xiao L;Jun YW;Kool ET
研究 mRNA 生物学和未来疗法需要对长天然 RNA 进行位点选择性标记的方法。目前的方法涉及对RNA序列进行改造，这可能会改变折叠，或者仅限于特定的序列或碱基。在这里，我们描述了一种通过新颖的 DNA 平铺方法进行 mRNA 缀合的多功能策略。 TRAIL 方法利用一组“保护剂”寡脱氧核苷酸来杂交并阻断 mRNA，并与“诱导剂”DNA 结合，挤出反应性 RNA 环，在预定位点进行酰化。使用 TRAIL，叠氮酰基咪唑试剂用于标记和控制 RNA，用于体外和细胞内的多种应用，包括 RNA 结合蛋白分析、细胞中 mRNA 成像以及翻译分析和控制。 TRAIL 方法提供了一种有效且易于使用的方法来标记和操作几乎任何长度或来源的 RNA，而不改变天然序列。 INH：描述了一种通用方法，可以在几乎任何确定的位点实现 mRNA 的位点酰化。 TRAIL 方法利用一种新颖的 DNA 平铺策略，通过杂交一组廉价的“保护剂”DNA 来阻断 mRNA，并与“诱导剂”DNA 结合，挤出反应性 RNA 环进行酰化。这种方法可用于多种应用的 mRNA 标记和控制。
Methods for site-selective labeling of long, native RNAs are needed for studying mRNA biology and future therapies. Current approaches involve engineering RNA sequences, which may alter folding, or are limited to specific sequences or bases. Here, we describe a versatile strategy for mRNA conjugation via a novel DNA tiling approach. The method, TRAIL, exploits a pool of “protector” oligodeoxynucleotides to hybridize and block the mRNA, combined with an “inducer” DNA that extrudes a reactive RNA loop for acylation at a predetermined site. Using TRAIL, an azido-acylimidazole reagent was employed for labeling and controlling RNA for multiple applications in vitro and in cells, including analysis of RNA-binding proteins, imaging mRNA in cells, and analysis and control of translation. The TRAIL approach offers an efficient and accessible way to label and manipulate RNAs of virtually any length or origin without altering native sequence. INH: A general method that enables site-localized acylation of mRNA at virtually any determined sites is described. The TRAIL method utilizes a novel DNA tiling strategy by hybridizing a pool of inexpensive “protector” DNAs to block mRNA and combining with an “inducer” DNA to extrude a reactive RNA loop for acylation. This approach can be employed for both mRNA labeling and control for multiple applications.
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