rEXPAR: An Isothermal Amplification Scheme That Is Robust to Autocatalytic Parasites
rEXPAR: An Isothermal Amplification Scheme That Is Robust to Autocatalytic Parasites
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rEXPAR：一种对自催化寄生虫具有鲁棒性的等温扩增方案
DOI：
10.1101/518118
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发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
André Estevez-Torres
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Georg Urtel;Jean-Christophe Galas;André Estevez-Torres
在没有DNA的情况下，含有四种脱氧核苷酸磷酸盐（dNTPs），DNA聚合酶和切口酶的溶液会产生一种称为寄生虫的DNA物种的自我复制混合物。寄生虫在基于模板的等温扩增方案如EXPAR以及相关的分子编程方法如PEN DNA工具箱中是有问题的。在这里，我们表明，使用切口酶只有三个字母（C，G，T）在其识别位点的顶链，如Nb.BssSI，允许我们改变EXPAR模板的序列设计的方式，防止寄生虫的形成时，dATP从溶液中除去。这种方法使我们能够使EXPAR反应对寄生虫污染具有鲁棒性，这是实验室中的一个常见特征，同时保持它与PEN程序兼容，我们通过设计防寄生虫的反应网络来证明这一点。
In the absence of DNA, a solution containing the four deoxynucleotidetriphosphates (dNTPs), a DNA polymerase, and a nicking enzyme generates a self-replicating mixture of DNA species called parasite. Parasites are problematic in template-based isothermal amplification schemes such as EXPAR as well as in related molecular programming approaches, such as the PEN DNA toolbox. Here we show that using a nicking enzyme with only three letters (C, G, T) in the top strand of its recognition site, such as Nb.BssSI, allows us to change the sequence design of EXPAR templates in a way that prevents the formation of parasites when dATP is removed from the solution. This method allows us to make the EXPAR reaction robust to parasite contamination, a common feature in the laboratory, while keeping it compatible with PEN programs, which we demonstrate by engineering a parasite-proof bistable reaction network.
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