Digital three-dimensional atlas of quail development using high-resolution MRI.
Digital three-dimensional atlas of quail development using high-resolution MRI.
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DOI：
10.1100/tsw.2007.125
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发表时间：
2007-05-11
影响因子：
--
通讯作者：
Lansford R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ruffins SW;Martin M;Keough L;Truong S;Fraser SE;Jacobs RE;Lansford R
我们提出了一套基于微磁共振成像（μMRI）的鹌鹑胚胎三维数字地图集原型。该地图集由三个模块组成：(1)固定的卵生鹌鹑图像，年龄范围从胚胎第5天到第10天（e05至e10）；(2) μMRI数据粗略勾画的解剖图谱；(3)基于器官系统的层次图与解剖描绘相关联。该地图集被设计为可以使用SHIVA（一个免费的Java应用程序）访问。该图谱是可扩展的，可以包含其他类型的信息，包括解剖、生理和功能描述符。它还可以链接到在线资源和参考资料。这个数字图谱提供了一个框架，将各种数据类型，如基因表达和细胞迁移数据，放置在发育中的鹌鹑胚胎的正常三维解剖结构中。这为在整个胚胎的背景下分析和检查不同类型的信息之间的空间关系提供了一种方法。
We present an archetypal set of three-dimensional digital atlases of the quail embryo based on microscopic magnetic resonance imaging (μMRI). The atlases are composed of three modules: (1) images of fixed ex ovo quail, ranging in age from embryonic day 5 to 10 (e05 to e10); (2) a coarsely delineated anatomical atlas of the μMRI data; and (3) an organ system-based hierarchical graph linked to the anatomical delineations. The atlas is designed to be accessed using SHIVA, a free Java application. The atlas is extensible and can contain other types of information including anatomical, physiological, and functional descriptors. It can also be linked to online resources and references. This digital atlas provides a framework to place various data types, such as gene expression and cell migration data, within the normal three-dimensional anatomy of the developing quail embryo. This provides a method for the analysis and examination of the spatial relationships among the different types of information within the context of the entire embryo.
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