Variance and limiting distribution of coalescence times in a diploid model of a consanguineous population.
Variance and limiting distribution of coalescence times in a diploid model of a consanguineous population.
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同源群体二倍体模型中聚并时间的方差和极限分布。
DOI：
10.1016/j.tpb.2021.02.002
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发表时间：
2021-06
影响因子：
1.4
通讯作者：
Rosenberg NA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Severson AL;Carmi S;Rosenberg NA
最近对纯合性（ROH）和血统同一性（IBD）的建模研究试图将基因组共享的这些特性与成对聚结时间联系起来。在这里，我们研究了考虑血缘关系的模型中成对聚结时间的各种特征。特别是，我们延长了最近的二倍体分析的平均聚结时间的血统对内和之间的个体在一个血缘种群的聚结时间的方差，研究其依赖于血缘关系的频率和血缘关系的亲属系数。我们还介绍了一个分离的时间尺度的方法，对待血缘模型类似于数学上类似的现象，如部分自交，使用这种方法来获得合并时间分布。这种方法表明，血缘模型的行为类似于标准的结合，以因子1 − 3c缩放种群规模，其中c表示随机选择的交配对的亲属系数。它提供了一个较早的结果，描述平均聚结时间在血缘模型中的c。这些结果扩展了预测ROH和IBD与二倍体人群人口统计学参数相关的可能性。
Recent modeling studies interested in runs of homozygosity (ROH) and identity by descent (IBD) have sought to connect these properties of genomic sharing to pairwise coalescence times. Here, we examine a variety of features of pairwise coalescence times in models that consider consanguinity. In particular, we extend a recent diploid analysis of mean coalescence times for lineage pairs within and between individuals in a consanguineous population to derive the variance of coalescence times, studying its dependence on the frequency of consanguinity and the kinship coefficient of consanguineous relationships. We also introduce a separation-of-time-scales approach that treats consanguinity models analogously to mathematically similar phenomena such as partial selfing, using this approach to obtain coalescence-time distributions. This approach shows that the consanguinity model behaves similarly to a standard coalescent, scaling population size by a factor 1 − 3c, where c represents the kinship coefficient of a randomly chosen mating pair. It provides the explanation for an earlier result describing mean coalescence time in the consanguinity model in terms of c. The results extend the potential to make predictions about ROH and IBD in relation to demographic parameters of diploid populations.
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影响因子：
3.3
作者：
Sjödin, P;Kaj, I;Nordborg, M
通讯作者：
Nordborg, M
影响因子：
1.4
作者：
Ramachandran, Sohini;Rosenberg, Noah A.;Feldman, Marcus W.;Wakeley, John
通讯作者：
Wakeley, John
影响因子：
3.3
作者：
Carmi, Shai;Palamara, Pier Francesco;Pe'er, Itsik
通讯作者：
Pe'er, Itsik
影响因子：
64.8
作者：
Rohde, DLT;Olson, S;Chang, JT
通讯作者：
Chang, JT
DOI：
10.1073/pnas.1601080113
发表时间：
2016-07-19
影响因子：
11.1
作者：
Wakeley, John;King, Leandra;Wilton, Peter R.
通讯作者：
Wilton, Peter R.