CluePedia Cytoscape plugin: pathway insights using integrated experimental and in silico data.
CluePedia Cytoscape plugin: pathway insights using integrated experimental and in silico data.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btt019
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发表时间：
2013-03-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Mlecnik B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bindea G;Galon J;Mlecnik B
简介：Cytoscape插件是一个搜索可能与途径相关的新标记的工具。CreditPedia从实验数据中计算线性和非线性统计相关性。基因、蛋白质和miRNA可以基于计算机模拟和/或实验信息进行连接，并整合到术语/途径的CNOGO网络中。可以研究每个途径内的相互关系，并且可以通过基因/蛋白质/miRNA富集来揭示新的潜在关联。可以使用Cerebral插件布局创建类似路径的可视化。结合所有这些特征对于数据解释和新假设的产生至关重要。Cytoscape插件是用户友好的，具有表现力和直观的可视化。可用性：http://www.ici.upmc.fr/cluepedia/和通过Cytoscape插件管理器。用户手册可在Cockpedia网站上找到。联系方式：bernhard. crc.jussieu.fr或杰罗姆. crc.jussieu.fr补充信息：补充数据可在生物信息学在线获得。
Summary: The CluePedia Cytoscape plugin is a search tool for new markers potentially associated to pathways. CluePedia calculates linear and non-linear statistical dependencies from experimental data. Genes, proteins and miRNAs can be connected based on in silico and/or experimental information and integrated into a ClueGO network of terms/pathways. Interrelations within each pathway can be investigated, and new potential associations may be revealed through gene/protein/miRNA enrichments. A pathway-like visualization can be created using the Cerebral plugin layout. Combining all these features is essential for data interpretation and the generation of new hypotheses. The CluePedia Cytoscape plugin is user-friendly and has an expressive and intuitive visualization. Availability: http://www.ici.upmc.fr/cluepedia/ and via the Cytoscape plugin manager. The user manual is available at the CluePedia website. Contact: bernhard.mlecnik@crc.jussieu.fr or jerome.galon@crc.jussieu.fr Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
14.9
作者：
Kozomara A;Griffiths-Jones S
通讯作者：
Griffiths-Jones S
DOI：
10.1214/09-aoas312
发表时间：
2009-01-01
期刊：
The annals of applied statistics
影响因子：
--
作者：
Kosorok MR
通讯作者：
Kosorok MR
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp101
发表时间：
2009-04-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Bindea G;Mlecnik B;Hackl H;Charoentong P;Tosolini M;Kirilovsky A;Fridman WH;Pagès F;Trajanoski Z;Galon J
通讯作者：
Galon J
影响因子：
14.9
作者：
Xiao F;Zuo Z;Cai G;Kang S;Gao X;Li T
通讯作者：
Li T
影响因子：
5.8
作者：
Barsky, Aaron;Gardy, Jennifer L.;Munzner, Tamara
通讯作者：
Munzner, Tamara