Bacterial biogeography of the human digestive tract.
Bacterial biogeography of the human digestive tract.
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DOI：
10.1038/srep00170
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发表时间：
2011
影响因子：
4.6
通讯作者：
Neufeld, Josh D.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Stearns, Jennifer C.;Lynch, Michael D. J.;Senadheera, Dilani B.;Tenenbaum, Howard C.;Goldberg, Michael B.;Cvitkovitch, Dennis G.;Croitoru, Kenneth;Moreno-Hagelsieb, Gabriel;Neufeld, Josh D.
我们提出的细菌生物地理学样本从人类胃肠道的四个健康受试者。本研究生成了细菌16S rRNA基因（V3区）的bbb32万个对端序列，代表>95,000个独特的操作分类单位（otu； 97%相似簇），>对所有样本的Good’s覆盖率为99%。口腔样品的OTU丰富度和系统发育多样性最高。结肠内多个活检部位的微生物群落在个体内高度相似，与粪便中的微生物群落很大程度上不同。在个体内，宽泛的位置定义（口腔、胃/十二指肠、结肠和粪便）的OTU重叠范围为32-110个，其中25个是所有个体共有的，包括粪杆菌和TM7门的OTU。这是对健康人类消化道中发现的丰富而罕见的微生物群的首次全面表征，为进一步研究人类微生物群与健康和疾病的关系奠定了基础。
We present bacterial biogeography as sampled from the human gastrointestinal tract of four healthy subjects. This study generated >32 million paired-end sequences of bacterial 16S rRNA genes (V3 region) representing >95,000 unique operational taxonomic units (OTUs; 97% similarity clusters), with >99% Good's coverage for all samples. The highest OTU richness and phylogenetic diversity was found in the mouth samples. The microbial communities of multiple biopsy sites within the colon were highly similar within individuals and largely distinct from those in stool. Within an individual, OTU overlap among broad site definitions (mouth, stomach/duodenum, colon and stool) ranged from 32–110 OTUs, 25 of which were common to all individuals and included OTUs affiliated with Faecalibacterium prasnitzii and the TM7 phylum. This first comprehensive characterization of the abundant and rare microflora found along the healthy human digestive tract represents essential groundwork to investigate further how the human microbiome relates to health and disease.
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影响因子：
7.6
作者：
Kumar, PS;Griffen, AL;Leys, EJ
通讯作者：
Leys, EJ
DOI：
10.1073/pnas.1002601107
发表时间：
2010-06-29
影响因子：
11.1
作者：
Dominguez-Bello, Maria G.;Costello, Elizabeth K.;Knight, Rob
通讯作者：
Knight, Rob
DOI：
10.1073/pnas.0807920105
发表时间：
2008-11-18
影响因子：
11.1
作者：
Fierer, Noah;Hamady, Micah;Knight, Rob
通讯作者：
Knight, Rob
影响因子：
4.4
作者：
Bartram, Andrea K.;Lynch, Michael D. J.;Neufeld, Josh D.
通讯作者：
Neufeld, Josh D.
DOI：
10.1038/ismej.2010.30
发表时间：
2010-08
期刊：
The ISME journal
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--