L-GIREMI uncovers RNA editing sites in long-read RNA-seq.
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DOI：
10.1186/s13059-023-03012-w
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发表时间：
2023-07-20
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
尽管长读RNA-seq越来越多地用于表征全长转录本，但它也可以检测核苷酸变异，如基因突变或RNA编辑位点，这方面的研究还远远不够。在这里，我们提出了一项深入的研究，以检测和分析长读RNA-seq中的RNA编辑位点。我们的新方法，L-GIREMI，有效地处理测序错误和读取偏差。应用于PacBio RNA-seq数据，L-GIREMI在RNA编辑鉴定中具有较高的准确性。此外，我们的分析揭示了关于单分子和双链RNA结构中RNA编辑发生的新见解。L-GIREMI为研究长读RNA-seq中的核苷酸变异提供了一种有价值的手段。在线版本包含补充资料，下载地址：10.1186/s13059-023-03012-w。
Although long-read RNA-seq is increasingly applied to characterize full-length transcripts it can also enable detection of nucleotide variants, such as genetic mutations or RNA editing sites, which is significantly under-explored. Here, we present an in-depth study to detect and analyze RNA editing sites in long-read RNA-seq. Our new method, L-GIREMI, effectively handles sequencing errors and read biases. Applied to PacBio RNA-seq data, L-GIREMI affords a high accuracy in RNA editing identification. Additionally, our analysis uncovered novel insights about RNA editing occurrences in single molecules and double-stranded RNA structures. L-GIREMI provides a valuable means to study nucleotide variants in long-read RNA-seq. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13059-023-03012-w.
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