Translation of small open reading frames within unannotated RNA transcripts in Saccharomyces cerevisiae.
Translation of small open reading frames within unannotated RNA transcripts in Saccharomyces cerevisiae.
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DOI：
10.1016/j.celrep.2014.05.023
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发表时间：
2014-06-26
期刊：
影响因子：
8.8
通讯作者：
Baker KE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Smith JE;Alvarez-Dominguez JR;Kline N;Huynh NJ;Geisler S;Hu W;Coller J;Baker KE
高通量基因表达分析揭示了在真核细胞中大量以前未检测到的转录本。在这项研究中，我们研究了酵母中超过1100个未注释的转录本，这些转录本被预测缺乏蛋白质编码能力。我们发现，这些RNA中的大多数都富集在类似于mRNA的多聚核糖体上。核糖体分析表明，许多结合易位核糖体内预测的开放阅读框大小为10-96个密码子。我们验证了这些RNA的一个子集内编码的肽的表达，并为酵母物种之间的保护提供了证据。与它们的翻译一致，这些转录物中的许多被靶向通过抑制依赖性、无义介导的RNA衰变（NMD）途径降解。我们鉴定了对NMD也敏感的lncRNA，表明非编码转录物的翻译也发生在哺乳动物中。这些数据表明，被认为缺乏编码潜力的转录本是真正的蛋白质编码，并扩大了酵母和其他真核生物的蛋白质组。
High-throughput gene expression analysis has revealed a plethora of previously undetected transcripts in eukaryotic cells. In this study we investigate >1100 unannotated transcripts in yeast predicted to lack protein-coding capacity. We show that a majority of these RNAs are enriched on polyribosomes akin to mRNAs. Ribosome profiling demonstrates that many bind translocating ribosomes within predicted open-reading frames 10–96 codons in size. We validate expression of peptides encoded within a subset of these RNAs and provide evidence for conservation among yeast species. Consistent with their translation, many of these transcripts are targeted for degradation by the translation-dependent, nonsense-mediated RNA decay (NMD) pathway. We identify lncRNAs also sensitive to NMD, indicating translation of non-coding transcripts also occurs in mammals. These data demonstrate transcripts considered to lack coding potential are bona fide protein-coding, and expand the proteome of yeast and possibly other eukaryotes.
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DOI：
10.1083/jcb.108.2.229
发表时间：
1989-02
期刊：
The Journal of cell biology
影响因子：
--
作者：
Kozak M
通讯作者：
Kozak M
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
10.5
作者：
LEEDS, P;PELTZ, SW;CULBERTSON, MR
通讯作者：
CULBERTSON, MR
RNA在意外的地方：长的非编码RNA在不同的细胞环境中起作用。
DOI：
10.1038/nrm3679
发表时间：
2013-11
期刊：
Nature reviews. Molecular cell biology
影响因子：
--
作者：
Geisler S;Coller J
通讯作者：
Coller J
影响因子：
7
作者：
Bánfai B;Jia H;Khatun J;Wood E;Risk B;Gundling WE Jr;Kundaje A;Gunawardena HP;Yu Y;Xie L;Krajewski K;Strahl BD;Chen X;Bickel P;Giddings MC;Brown JB;Lipovich L
通讯作者：
Lipovich L