Comparative Genomics Uncovers the Genetic Diversity and Synthetic Biology of Secondary Metabolite Production of Trametes
Comparative Genomics Uncovers the Genetic Diversity and Synthetic Biology of Secondary Metabolite Production of Trametes
复制标题
比较基因组学揭示栓菌次生代谢产物生产的遗传多样性和合成生物学
DOI：
10.1080/12298093.2020.1725361
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发表时间：
2020-02
期刊：
影响因子：
1.9
通讯作者：
Xu Zhongdong
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang Yan;Wang Jingjing;Chen Yajun;Zhou Minghui;Wang Wei;Geng Ming;Xu Decong;Xu Zhongdong
摘要栓菌的碳水化合物活性酶（CAZyme）基因参与多糖的降解。然而，对栓菌的CAZymes组成和生物合成基因簇（BGC）的综合分析仍不清楚。本文对9株栓菌进行了比较分析、CAZyme基因检测和BGC预测。在栓菌属获得的82，053个同源簇中，我们鉴定了8518个核心基因，60，441个辅助基因和13，094个特异基因。大部分CAZyme基因被分类为糖苷水解酶、糖基转移酶和碳水化合物酯酶。将预测的栓菌BGC分为6种策略，9个栓菌菌株的BGC平均为47.78个。我们的研究表明栓菌属具有开放的泛基因组结构。这些研究结果提供了深入了解的遗传多样性和探索的合成生物学的次生代谢产物的栓菌。
Abstract The carbohydrate-active enzyme (CAZyme) genes of Trametes contribute to polysaccharide degradation. However, the comprehensive analysis of the composition of CAZymes and the biosynthetic gene clusters (BGCs) of Trametes remain unclear. Here, we conducted comparative analysis, detected the CAZyme genes, and predicted the BGCs for nine Trametes strains. Among the 82,053 homologous clusters obtained for Trametes, we identified 8518 core genes, 60,441 accessory genes, and 13,094 specific genes. A large proportion of CAZyme genes were cataloged into glycoside hydrolases, glycosyltransferases, and carbohydrate esterases. The predicted BGCs of Trametes were divided into six strategies, and the nine Trametes strains harbored 47.78 BGCs on average. Our study revealed that Trametes exhibits an open pan-genome structure. These findings provide insights into the genetic diversity and explored the synthetic biology of secondary metabolite production for Trametes.
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L. Lesage-Meessen;M. Haon;E. Uzan;A. Levasseur;F. Piumi;D. Navarro;Sabine Taussac;A. Favel;
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