Molecular variation in a functionally divergent homolog of FCA regulates flowering time in Arabidopsis thaliana.
Molecular variation in a functionally divergent homolog of FCA regulates flowering time in Arabidopsis thaliana.
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FCA 功能不同同源物的分子变异调节拟南芥开花时间
DOI：
10.1038/s41467-020-19666-0
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发表时间：
2020-11-17
影响因子：
16.6
通讯作者：
Li P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang Y;Tao Z;Wang W;Filiault D;Qiu C;Wang C;Wang H;Rehman S;Shi J;Zhang Y;Li P
植物天然变体的鉴定和功能表征对于理解表型适应至关重要。在这里，我们确定了一个分子变异At 2g 47310，有助于自然变化的开花时间在拟南芥加入。这个基因，我们称之为FCA的SISTER（SSF），以拮抗的方式发挥作用。全基因组关联分析筛选了与FLC表达的自然变异相关的SSF的两个主要单倍型，并且确定了单一多态性SSF-N414 D是主要贡献者。SSF 414 N蛋白变体与CUL 1（E3泛素化复合物的组分）的相互作用比SSF 414 D形式更强，介导SSF蛋白降解和FLC表达的差异。FCA和SSF似乎是在双子叶-单子叶分化后通过基因复制而产生的，SSF-N414 D多态性是最近在A. thaliana.这项工作提供了一个很好的例子，破译功能的重要性，在不同的生物体的天然多态性。
The identification and functional characterization of natural variants in plants are essential for understanding phenotypic adaptation. Here we identify a molecular variation in At2g47310 that contributes to the natural variation in flowering time in Arabidopsis thaliana accessions. This gene, which we term SISTER of FCA (SSF), functions in an antagonistic manner to its close homolog FCA. Genome-wide association analysis screens two major haplotypes of SSF associated with the natural variation in FLC expression, and a single polymorphism, SSF-N414D, is identified as a main contributor. The SSF414N protein variant interacts more strongly with CUL1, a component of the E3 ubiquitination complex, than the SSF414D form, mediating differences in SSF protein degradation and FLC expression. FCA and SSF appear to have arisen through gene duplication after dicot-monocot divergence, with the SSF-N414D polymorphism emerging relatively recently within A. thaliana. This work provides a good example for deciphering the functional importance of natural polymorphisms in different organisms.
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影响因子：
4.5
作者：
Baxter I;Brazelton JN;Yu D;Huang YS;Lahner B;Yakubova E;Li Y;Bergelson J;Borevitz JO;Nordborg M;Vitek O;Salt DE
通讯作者：
Salt DE
影响因子：
7.4
作者：
Mendez-Vigo, Belen;Xavier Pico, F.;Alonso-Blanco, Carlos
通讯作者：
Alonso-Blanco, Carlos
影响因子：
64.5
作者：
Macknight, R;Bancroft, I;Dean, C
通讯作者：
Dean, C
影响因子：
4.5
作者：
Brachi B;Faure N;Horton M;Flahauw E;Vazquez A;Nordborg M;Bergelson J;Cuguen J;Roux F
通讯作者：
Roux F
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp348
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Capella-Gutiérrez S;Silla-Martínez JM;Gabaldón T
通讯作者：
Gabaldón T