ORF-Interrupting Mutations in Monkeypox Virus Genomes from Washington and Ohio, 2022.
ORF-Interrupting Mutations in Monkeypox Virus Genomes from Washington and Ohio, 2022.
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DOI：
10.3390/v14112393
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发表时间：
2022-10-29
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
猴痘病毒是2022年猴痘暴发的病原体，是痘病毒科正痘病毒属的一种双链DNA病毒。正痘病毒基因组末端区域的基因大多编码宿主-病原体相互作用蛋白，容易受到选择压力和修饰事件的影响。利用病毒全基因组测序技术，研究人员共鉴定出25份具有orf破坏突变的临床样本，其中包括20份编码MPXVgp001/191 （OPG001）、MPXVgp004/188 （OPG015）、MPXVgp010 （OPG023）、MPXVgp030 （OPG042）、MPXVgp159 （OPG0178）或MPXVgp161 （OPG181）无意义突变的样本。其他突变包括MPXVgp010 （OPG023）的移码导致另一个c端，MPXVgp153 （OPG151）的注释ORF开头的腺嘌呤均聚物插入，编码RNA聚合酶的一个亚基，表明病毒可能使用编码注释的Met9的起始密码子。最后，我们检测到三个大的（>900 bp）缺失样本。其中包括913 bp的缺失，截断MPXVgp010 （OPG023）的c端；缺失4205 bp，删除MPXVgp012 （OPG025）、MPXVgp013 （OPG027）和MPXVgp014 (OPG029)，截断MPXVgp011 （OPG024; D8L）和MPXVgp015 (OPG030)；以及一个6881 bp的缺失，截断MPXVgp182 (OPG210)，并仅从3 ' ITR中消除假定的orf MPXVgp184， MPXVgp185 （OPG005）和MPXVgp186，以及MPXVgp187 （OPG016）和MPXVgp188 （OPG015）。MPXVgp182编码猴痘特异性的高免疫原性表面糖蛋白B21R，该蛋白已被提出作为血清学靶点。总的来说，我们发现超过十分之一的MPXV测序分离物至少有一个基因失活突变，这些基因加起来构成了超过十分之一的MPXV注释基因。我们的发现突出了猴痘病毒中的非必需基因，这些基因可能是由于人类的选择压力而进化的，以及针对它们进行治疗和诊断测试的局限性。
Monkeypox virus, the causative agent of the 2022 monkeypox outbreak, is a double-stranded DNA virus in the Orthopoxvirus genus of the Poxviridae family. Genes in terminal regions of Orthopoxvirus genomes mostly code for host-pathogen interaction proteins and are prone to selective pressure and modification events. Using viral whole genome sequencing, we identified twenty-five total clinical samples with ORF-disrupting mutations, including twenty samples encoding nonsense mutations in MPXVgp001/191 (OPG001), MPXVgp004/188 (OPG015), MPXVgp010 (OPG023), MPXVgp030 (OPG042), MPXVgp159 (OPG0178), or MPXVgp161 (OPG181). Additional mutations include a frameshift leading to an alternative C-terminus in MPXVgp010 (OPG023) and an insertion in an adenine homopolymer at the beginning of the annotated ORF for MPXVgp153 (OPG151), encoding a subunit of the RNA polymerase, suggesting the virus may instead use the start codon that encodes Met9 as annotated. Finally, we detected three samples with large (>900 bp) deletions. These included a 913 bp deletion that truncates the C-terminus of MPXVgp010 (OPG023); a 4205 bp deletion that eliminates MPXVgp012 (OPG025), MPXVgp013 (OPG027), and MPXVgp014 (OPG029) and truncates MPXVgp011 (OPG024; D8L) and MPXVgp015 (OPG030); and a 6881 bp deletion that truncates MPXVgp182 (OPG210) and eliminates putative ORFs MPXVgp184, MPXVgp185 (OPG005), and MPXVgp186, as well as MPXVgp187 (OPG016), and MPXVgp188 (OPG015) from the 3’ ITR only. MPXVgp182 encodes the monkeypox-specific, highly immunogenic surface glycoprotein B21R which has been proposed as a serological target. Overall, we find greater than one-tenth of our sequenced MPXV isolates have at least one gene inactivating mutation and these genes together comprised greater than one-tenth of annotated MPXV genes. Our findings highlight non-essential genes in monkeypox virus that may be evolving as a result of selective pressure in humans, as well as the limitations of targeting them for therapeutics and diagnostic testing.
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影响因子：
14.9
作者：
Mistry J;Chuguransky S;Williams L;Qureshi M;Salazar GA;Sonnhammer ELL;Tosatto SCE;Paladin L;Raj S;Richardson LJ;Finn RD;Bateman A
通讯作者：
Bateman A
影响因子：
82.9
作者：
Isidro, Joana;Borges, Vitor;Pinto, Miguel;Sobral, Daniel;Santos, Joao Dourado;Nunes, Alexandra;Mixao, Veronica;Ferreira, Rita;Santos, Daniela;Duarte, Silvia;Vieira, Luis;Borrego, Maria Jose;Nuncio, Sofia;de Carvalho, Isabel Lopes;Pelerito, Ana;Cordeiro, Rita;Gomes, Joao Paulo
通讯作者：
Gomes, Joao Paulo
DOI：
10.1093/infdis/jiaa559
发表时间：
2022-04-19
期刊：
The Journal of infectious diseases
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
6.7
作者：
Graham SC;Bahar MW;Cooray S;Chen RA;Whalen DM;Abrescia NG;Alderton D;Owens RJ;Stuart DI;Smith GL;Grimes JM
通讯作者：
Grimes JM
DOI：
10.3390/v12111257
发表时间：
2020-11-05
期刊：
Viruses
影响因子：
--
作者：
Alakunle E;Moens U;Nchinda G;Okeke MI
通讯作者：
Okeke MI