Evolutionary dynamics of recent peste des petits ruminants virus epidemic in China during 2013-2014.
Evolutionary dynamics of recent peste des petits ruminants virus epidemic in China during 2013-2014.
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DOI：
10.1016/j.virol.2017.07.018
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发表时间：
2017-10
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Wang Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bao J;Wang Q;Li L;Liu C;Zhang Z;Li J;Wang S;Wu X;Wang Z
小反刍动物有害生物病毒(PPRV)是一种引起绵羊和山羊高度传染性的疾病，已被认为是对非洲和亚洲当地经济的严重威胁。然而，对猪繁殖与呼吸综合征病毒在流行期间的深入进化动态还没有很好的了解。我们对中国2013年至2014年暴发的25株猪伪狂犬病病毒的基因组序列进行了系统发育分析。所有这些毒株都聚为一个新的分支，形成一个新的分支。据估计，每个位点每天有2.61×10−6个核苷酸替换，将猪伪狂犬病病毒中国株最近的共同祖先追溯到2013年8月初。传播网络分析显示，所有病毒序列均可分为5组感染，提示动物的远距离传播在猪繁殖与呼吸综合征病毒在中国的传播中起重要作用。这些结果拓展了我们对PPRV进化的认识，以实现有效的控制措施。首次深入研究猪繁殖与呼吸综合征病毒在疫情期间的进化动态。PPRV的进化速率估计为2.61×10-6nt替换/位/天。猪伪狂犬病病毒中国2013-2014年毒株的起源可追溯到2013年8月初。猪伪狂犬病病毒中国2013年至2014年的毒株可分为五个感染集群。
Peste des petits ruminants virus (PPRV) causes a highly contagious disease, peste des petits ruminants (PPR), in sheep and goats which has been considered as a serious threat to the local economy in Africa and Asia. However, the in-depth evolutionary dynamics of PPRV during an epidemic is not well understood. We conducted phylogenetic analysis on genomic sequences of 25 PPRV strains from China 2013–2014 outbreaks. All these strains clustered into a novel clade in lineage 4. An evolutionary rate of 2.61 × 10−6 nucleotide substitutions per site per day was estimated, dating the most recent common ancestor of PPRV China 2013–2014 strains to early August 2013. Transmission network analysis revealed that all the virus sequences could be grouped into five clusters of infection, suggesting long-distance animal transmission play an important role in the spread of PPRV in China. These results expanded our knowledge for PPRV evolution to achieve effective control measures. First in-depth evolutionary dynamics of PPRV during an epidemic. The evolutionary rate of PPRV is estimated at 2.61 × 10-6 nt substitutions/site/day. The origin of PPRV China 2013–2014 strains is dated to early August 2013. The PPRV China 2013–2014 strains could be grouped into five clusters of infection.
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