Large-scale sorting of C. elegans embryos reveals the dynamics of small RNA expression.
Large-scale sorting of C. elegans embryos reveals the dynamics of small RNA expression.
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DOI：
10.1038/nmeth.1370
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发表时间：
2009-10
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Rajewsky, Nikolaus
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Stoeckius, Marlon;Maaskola, Jonas;Colombo, Teresa;Rahn, Hans-Peter;Friedlaender, Marc R.;Li, Na;Chen, Wei;Piano, Fabio;Rajewsky, Nikolaus
秀丽隐杆线虫是胚胎发生最重要的模式系统之一。然而，收集大量精确分期的胚胎是不切实际的。早期C。线虫胚胎发生不适合于大多数现代高通量基因组学或生物化学测定。为了克服这个问题，我们设计了一种方法来收集大量的阶段C。通过荧光激活细胞分选（称为eFACS）检测线虫胚胎。eFACS原则上可应用于所有胚胎阶段。作为原理的证明，我们表明，一次eFACS运行通常会产生数万个几乎完美分期的单细胞胚胎。由于最早的胚胎事件是由转录后调控驱动的，我们将eFACS与下一代测序相结合，以分析小的非编码RNA的胚胎表达。我们发现，在胚胎发生过程中，几乎所有类型的小RNA（包括miRNA和26 G-RNA）之间和内部的表达都发生了复杂和协调的变化。
Caenorhabditis elegans is one of the most prominent model systems for embryogenesis. However, it has been impractical to collect large amounts of precisely staged embryos. Thus, early C. elegans embryogenesis has not been amenable to most modern high-throughput genomics or biochemistry assays. To overcome this problem, we devised a method to collect large amounts of staged C. elegans embryos by Fluorescent Activated Cell Sorting (termed eFACS). eFACS can in principle be applied to all embryonic stages. As a proof of principle we show that a single eFACS run routinely yields tens of thousands of almost perfectly staged one-cell embryos. Since the earliest embryonic events are driven by post-transcriptional regulation, we combined eFACS with next-generation sequencing to profile the embryonic expression of small, non-coding RNAs. We discovered complex and orchestrated changes in the expression between and within almost all classes of small RNAs, including miRNAs and 26G-RNAs, during embryogenesis.
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