A method of aligning peak lists generated by gas chromatography high-resolution mass spectrometry.
A method of aligning peak lists generated by gas chromatography high-resolution mass spectrometry.
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一种对齐气相色谱高分辨率质谱生成的峰列表的方法。
DOI：
10.1039/c3an00667k
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Zhang,Xiang
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wei,Xiaoli;Shi,Xue;Merrick,Mark;Willis,Peter;Alonso,David;Zhang,Xiang
本文提出了一种气相色谱-高分辨飞行时间质谱数据的峰列表对齐方法。在z分数转换的保留时间域中进行比对，以标准化样品间的色谱峰分布。通过同时评价质谱相似性和保留时间的接近程度，开发了混合物评分来评估两个峰之间的相似性。通过对三种不同流量下的实验数据进行分析，表明该方法能够正确对齐异构数据。通过分析小鼠肝脏代谢物提取物与28种加标酸的多种混合物的实验数据，进一步验证了方法的有效性。所有检测到的加标酸均正确对齐。使用比对表，统计检验正确检测了样品组之间加标化合物的浓度差异。在所有三个比较的样本组中，受试者工作特征（ROC）曲线中的曲线下面积（AUC）值均大于0.85，表明峰对齐的准确性很高，并支持所提出的方法在代谢组学项目中的潜在应用，例如生物标志物发现。
We report a method for the peak list alignment of gas chromatography high resolution time-of-flight mass spectrometry data. The alignment is performed in a z-score transformed retention time domain to standardize chromatographic peak distribution across samples. A mixture score is developed to assess the similarity between two peaks by simultaneously evaluating the mass spectral similarity and the closeness of retention time. An analysis of experimental data acquired under three different flow rates indicates that the proposed method is able to correctly align the heterogeneous data. The effectiveness of method is further validated by analyzing experimental data of multiple mixtures of metabolite extract from mouse liver with 28 spiked-in acids. All of the detected spiked-in acids were correctly aligned. A statistical test correctly detected the concentration differences of the spiked-in compounds between sample groups using the alignment table. The area under curve (AUC) value in the receiver operating characteristic (ROC) curve is larger than 0.85 in all three of the compared sample groups, indicating a high accuracy of peak alignment and supporting the potential application of the proposed method for metabolomics projects such as biomarker discovery.
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DOI：
10.1080/00039896.1981.10667615
发表时间：
1981-01-01
期刊：
ARCHIVES OF ENVIRONMENTAL HEALTH
影响因子：
--
作者：
BROWN, DP;JONES, M
通讯作者：
JONES, M
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DOI：
10.1093/jnci/55.6.1453
发表时间：
1975
期刊：
Journal of the National Cancer Institute
影响因子：
--
作者：
R. Kimbrough;R. Squire;R. Linder;J. Strandberg;R. Montali;V. Burse
通讯作者：
V. Burse
抗肽抗体可检测尿液中与癌基因相关的蛋白质。
DOI：
10.1073/pnas.82.23.7924
发表时间：
1985
影响因子：
11.1
作者：
Niman,HL;Thompson,AM;Yu,A;Markman,M;Willems,JJ;Herwig,KR;Habib,NA;Wood,CB;Houghten,RA;Lerner,RA
通讯作者：
Lerner,RA
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影响因子：
10.4
作者：
O. Hutzinger;G. G. Choudhry;B. Chittim;L. E. Johnston
通讯作者：
L. E. Johnston
影响因子：
56.9
作者：
SLAMON, DJ;DEKERNION, JB;CLINE, MJ
通讯作者：
CLINE, MJ