Common and well-documented HLA alleles: 2012 update to the CWD catalogue.
Common and well-documented HLA alleles: 2012 update to the CWD catalogue.
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DOI：
10.1111/tan.12093
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发表时间：
2013-04
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Fernandez-Vina M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mack SJ;Cano P;Hollenbach JA;He J;Hurley CK;Middleton D;Moraes ME;Pereira SE;Kempenich JH;Reed EF;Setterholm M;Smith AG;Tilanus MG;Torres M;Varney MD;Voorter CE;Fischer GF;Fleischhauer K;Goodridge D;Klitz W;Little AM;Maiers M;Marsh SG;Müller CR;Noreen H;Rozemuller EH;Sanchez-Mazas A;Senitzer D;Trachtenberg E;Fernandez-Vina M
我们更新了常见且有据可查 (CWD) HLA 等位基因的目录，以反映当前对特定等位基因序列流行情况的了解。原始 CWD 目录将 IMGT/HLA 数据库版本 2.15.0 中 HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DRB3/4/5、-DQA1、-DQB1 和 –DPB1 位点的 721 个等位基因指定为 CWD。更新后的 CWD 目录将 HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DRB3/4/5、-DQA1、-DQB1、-DPA1 和 –DPB1 位点上的 1122 个等位基因指定为 CWD，占 IMGT/HLA 数据库版本 3.9.0 中 HLA 等位基因的 14.3%。特别是，根据大约 140,000 个基于序列的分型观察和可用的 HLA 单倍型数据，我们确定了其中 415 个等位基因为“常见”（具有已知频率），707 个等位基因为“有据可查”。利用这些等位基因流行率数据，我们还将 CWD 状态分配给特定的 G 和 P 名称。我们确定 147/151 G 组和 290/415 P 组为 CWD。 CWD 目录将定期更新，并将纳入 IMGT/HLA 数据库的更改以及来自组织相容性和免疫遗传学界的经验数据。 CWD 目录的 2.0.0 版可在 cwd.immunogenomics.org 在线获取，并将集成到等位基因频率网络数据库、IMGT/HLA 数据库和国家骨髓捐赠计划的生物信息学网页中。
We have updated the catalogue of common and well-documented (CWD) HLA alleles to reflect current understanding of the prevalence of specific allele sequences. The original CWD catalogue designated 721 alleles at the HLA-A, -B, -C, -DRB1, -DRB3/4/5, -DQA1, -DQB1, and –DPB1 loci in IMGT/HLA Database release 2.15.0 as being CWD. The updated CWD catalogue designates 1122 alleles at the HLA-A, -B, -C, -DRB1, -DRB3/4/5, -DQA1, -DQB1, -DPA1 and –DPB1 loci as being CWD, and represents 14.3% of the HLA alleles in IMGT/HLA Database release 3.9.0. In particular, we identified 415 of these alleles as being “common” (having known frequencies) and 707 as being “well-documented” on the basis of ~140,000 sequence-based typing observations and available HLA haplotype data. Using these allele prevalence data, we have also assigned CWD status to specific G and P designations. We identified 147/151 G groups and 290/415 P groups as being CWD. The CWD catalogue will be updated on a regular basis moving forward, and will incorporate changes to the IMGT/HLA Database as well as empirical data from the histocompatibility and immunogenetics community. This version 2.0.0 of the CWD catalogue is available online at cwd.immunogenomics.org, and will be integrated into the Allele Frequencies Net Database, the IMGT/HLA Database and National Marrow Donor Program’s bioinformatics web pages.
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