Toward a global virus genomic surveillance network.
Toward a global virus genomic surveillance network.
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DOI：
10.1016/j.chom.2023.03.003
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发表时间：
2023-06-14
影响因子：
30.3
通讯作者：
Grubaugh, Nathan D.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hill, Verity;Githinji, George;Vogels, Chantal B. F.;Bento, Ana I.;Chaguza, Chrispin;Carrington, Christine V. F.;Grubaugh, Nathan D.
2019冠状病毒病大流行激发了病毒基因组监测领域，证明了其对公共卫生的效用。现在，我们必须利用这一势头，加强基础设施、培训和政治意愿，为其他流行病和地方病病毒建立一个可持续的全球基因组监测网络。我们建议一个通用的模块化测序框架，其中用户可以很容易地在病毒目标之间切换，以最大限度地提高成本效益，并保持对新威胁的准备。我们还强调了与基因组监测相关的挑战，以及全球不平等现象持续存在的情况。我们提出解决方案，以减轻其中一些问题，包括培训和多边伙伴关系。探索临床测序的替代方案也可以降低监测项目的成本。最后，我们讨论了如何建立基因组监测将有助于控制计划，并可能提供一个预警系统的爆发，使用全球呼吸道病毒（RSV），虫媒病毒（登革热病毒），和区域人畜共患病病毒（拉沙病毒）为例。随着过去紧急情况的技术进步，全球病毒基因组监测在COVID-19大流行期间增加到前所未有的水平。在他们的观点中，Hill et al.检查这一基础设施，并讨论为其他流行病和地方病病毒开发可持续的全球基因组监测网络的重要性，以为公共卫生决策提供信息。
The COVID-19 pandemic galvanized the field of virus genomic surveillance, demonstrating its utility for public health. Now, we must harness the momentum that led to increased infrastructure, training, and political will to build a sustainable global genomic surveillance network for other epidemic and endemic viruses. We suggest a generalizable modular sequencing framework wherein users can easily switch between virus targets to maximize cost-effectiveness and maintain readiness for new threats. We also highlight challenges associated with genomic surveillance and when global inequalities persist. We propose solutions to mitigate some of these issues, including training and multilateral partnerships. Exploring alternatives to clinical sequencing can also reduce the cost of surveillance programs. Finally, we discuss how establishing genomic surveillance would aid control programs and potentially provide a warning system for outbreaks, using a global respiratory virus (RSV), an arbovirus (dengue virus), and a regional zoonotic virus (Lassa virus) as examples. Following technological advancements from past emergencies, global virus genomic surveillance increased to unprecedented levels during the COVID-19 pandemic. In their perspective, Hill et al. examine this infrastructure and discuss the importance of developing sustainable global genomic surveillance networks for other epidemic and endemic viruses to inform public-health decision making.
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DOI：
10.1038/nrg.2017.88
发表时间：
2018-01
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
Gardy JL;Loman NJ
通讯作者：
Loman NJ
DOI：
10.1126/science.aaf5036
发表时间：
2016-04-15
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Faria NR;Azevedo RDSDS;Kraemer MUG;Souza R;Cunha MS;Hill SC;Thézé J;Bonsall MB;Bowden TA;Rissanen I;Rocco IM;Nogueira JS;Maeda AY;Vasami FGDS;Macedo FLL;Suzuki A;Rodrigues SG;Cruz ACR;Nunes BT;Medeiros DBA;Rodrigues DSG;Queiroz ALN;da Silva EVP;Henriques DF;da Rosa EST;de Oliveira CS;Martins LC;Vasconcelos HB;Casseb LMN;Simith DB;Messina JP;Abade L;Lourenço J;Alcantara LCJ;de Lima MM;Giovanetti M;Hay SI;de Oliveira RS;Lemos PDS;de Oliveira LF;de Lima CPS;da Silva SP;de Vasconcelos JM;Franco L;Cardoso JF;Vianez-Júnior JLDSG;Mir D;Bello G;Delatorre E;Khan K;Creatore M;Coelho GE;de Oliveira WK;Tesh R;Pybus OG;Nunes MRT;Vasconcelos PFC
通讯作者：
Vasconcelos PFC
影响因子：
4.4
作者：
Gohl DM;Garbe J;Grady P;Daniel J;Watson RHB;Auch B;Nelson A;Yohe S;Beckman KB
通讯作者：
Beckman KB
影响因子：
13.6
作者：
Bhardwaj J;Hong S;Jang J;Han CH;Lee J;Jang J
通讯作者：
Jang J
影响因子：
6.4
作者：
HALL, CB;WALSH, EE;SCHNABEL, KC
通讯作者：
SCHNABEL, KC