June: open-source individual-based epidemiology simulation.
June: open-source individual-based epidemiology simulation.
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DOI：
10.1098/rsos.210506
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发表时间：
2021-07
影响因子：
3.5
通讯作者：
Krauss F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Aylett-Bullock J;Cuesta-Lazaro C;Quera-Bofarull A;Icaza-Lizaola M;Sedgewick A;Truong H;Curran A;Elliott E;Caulfield T;Fong K;Vernon I;Williams J;Bower R;Krauss F
我们介绍六月，一个开源的框架，用于详细模拟流行病的基础上，社会互动的虚拟人口从地理粒度的人口普查数据，反映年龄，性别，种族和社会经济指标。个体之间的相互作用是在不同规模和属性的群体中建模的，例如家庭、学校和工作场所，以及使用社会混合矩阵的其他社会活动。June提供了一套灵活的参数化描述传染病，它们如何传播和影响受污染的个人。在本文中，我们将6月应用于模拟COVID-19在英格兰传播的具体案例。我们讨论了初始模型输出的质量，这些输出重现了国家和地区以及年龄层的住院和死亡统计数据。
We introduce June, an open-source framework for the detailed simulation of epidemics on the basis of social interactions in a virtual population constructed from geographically granular census data, reflecting age, sex, ethnicity and socio-economic indicators. Interactions between individuals are modelled in groups of various sizes and properties, such as households, schools and workplaces, and other social activities using social mixing matrices. June provides a suite of flexible parametrizations that describe infectious diseases, how they are transmitted and affect contaminated individuals. In this paper, we apply June to the specific case of modelling the spread of COVID-19 in England. We discuss the quality of initial model outputs which reproduce reported hospital admission and mortality statistics at national and regional levels as well as by age strata.
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DOI：
10.1111/rssc.12198
发表时间：
2017-08
期刊：
Journal of the Royal Statistical Society. Series C, Applied statistics
影响因子：
--
作者：
Andrianakis I;Vernon I;McCreesh N;McKinley TJ;Oakley JE;Nsubuga RN;Goldstein M;White RG
通讯作者：
White RG
影响因子：
64.8
作者：
Harris CR;Millman KJ;van der Walt SJ;Gommers R;Virtanen P;Cournapeau D;Wieser E;Taylor J;Berg S;Smith NJ;Kern R;Picus M;Hoyer S;van Kerkwijk MH;Brett M;Haldane A;Del Río JF;Wiebe M;Peterson P;Gérard-Marchant P;Sheppard K;Reddy T;Weckesser W;Abbasi H;Gohlke C;Oliphant TE
通讯作者：
Oliphant TE
影响因子：
4.3
作者：
Andrianakis I;Vernon IR;McCreesh N;McKinley TJ;Oakley JE;Nsubuga RN;Goldstein M;White RG
通讯作者：
White RG
DOI：
10.1038/s41370-018-0052-y
发表时间：
2020-01
影响因子：
4.5
作者：
Brandon N;Dionisio KL;Isaacs K;Tornero-Velez R;Kapraun D;Setzer RW;Price PS
通讯作者：
Price PS
影响因子：
4.3
作者：
Chao DL;Halloran ME;Obenchain VJ;Longini IM Jr
通讯作者：
Longini IM Jr