PoMaMo--a comprehensive database for potato genome data.
PoMaMo--a comprehensive database for potato genome data.
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DOI：
10.1093/nar/gki018
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发表时间：
2005-01-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Gebhardt C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Meyer S;Nagel A;Gebhardt C
建立了马铃薯基因组数据数据库（PoMaMo、Potato Maps 等）。该数据库包含所有 12 个马铃薯染色体的分子图谱（约 1000 个映射元素）、序列数据、推定基因功能、BLAST 分析结果、不同二倍体和四倍体马铃薯基因型的 SNP 和 InDel 信息、出版物参考文献、其他公共数据库的链接，如 GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) 或 SGN (Solanaceae Genomics Network, http://www.sgn.cornell.edu/) 等。 灵活的搜索数据可视化界面可以通过互联网轻松访问数据（https://gabi.rzpd.de/PoMaMo.html）。 Java servlet 工具 YAMB（Yet Another Map Browser）旨在以交互方式显示染色体图谱。地图可以放大和缩小，并且通过单击感兴趣的元素可以获得有关映射元素的详细信息。 GreenCards 界面允许通过标记、序列或基因型名称、序列登录号、基因功能、BLAST Hit 或出版物参考进行基于文本的数据搜索。 PoMaMo 数据库是不同马铃薯基因组数据的综合数据库，也是迄今为止唯一包含二倍体和四倍体马铃薯基因型的 SNP 和 InDel 数据的数据库。
A database for potato genome data (PoMaMo, Potato Maps and More) was established. The database contains molecular maps of all twelve potato chromosomes with about 1000 mapped elements, sequence data, putative gene functions, results from BLAST analysis, SNP and InDel information from different diploid and tetraploid potato genotypes, publication references, links to other public databases like GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) or SGN (Solanaceae Genomics Network, http://www.sgn.cornell.edu/), etc. Flexible search and data visualization interfaces enable easy access to the data via internet (https://gabi.rzpd.de/PoMaMo.html). The Java servlet tool YAMB (Yet Another Map Browser) was designed to interactively display chromosomal maps. Maps can be zoomed in and out, and detailed information about mapped elements can be obtained by clicking on an element of interest. The GreenCards interface allows a text-based data search by marker-, sequence- or genotype name, by sequence accession number, gene function, BLAST Hit or publication reference. The PoMaMo database is a comprehensive database for different potato genome data, and to date the only database containing SNP and InDel data from diploid and tetraploid potato genotypes.
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