Transposable elements in individual genotypes of Drosophila simulans
Transposable elements in individual genotypes of Drosophila simulans
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模拟果蝇个体基因型中的转座元件
DOI：
10.1002/ece3.6134
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发表时间：
2020
影响因子：
2.6
通讯作者：
Signor, Sarah
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Signor, Sarah
转座子是基因组中丰富的、动态的成分，影响着生物的表型和适应性。在黑腹果蝇中，随着物种向非洲扩散，它们的数量增加了，不同的种群在其转座元素含量上存在差异。然而，目前人们对转座元件在个体基因型之间的差异以及它与转座元件总体种群动态的关系知之甚少。黑腹果蝇的姐妹物种，黑腹果蝇，最近也变得世界性的，存在着来自世界性和非洲苍蝇的近亲交配基因型板。因此，我们可以确定在定植种群中的差异是否是重复的。在模拟物中，转座元件在单个基因类型中的动态是什么，以及与野生苍蝇相比如何。在估计了大都市和非洲的拷贝数后，我发现来自大都市种群的果蝇的转座元件载量更高。此外，转座元件的载量在不同群体、不同基因型之间有很大的差异，但不是在野生系和自交系之间的整体差异。某些基因类型要么含有活性的转座元件，要么更允许转座并积累特定转座元件的拷贝。总体而言，重要的是要量化特定于基因型的转座元件动态以及种群平均值，以了解转座元件随时间积累的动态。
Transposable elements are abundant, dynamic components of the genome that affect organismal phenotypes and fitness. InDrosophila melanogaster, they have increased in abundance as the species spread out of Africa, and different populations differ in their transposable element content. However, very little is currently known about how transposable elements differ between individual genotypes, and how that relates to the population dynamics of transposable elements overall. The sister species ofD. melanogaster,D. simulans, has also recently become cosmopolitan, and panels of inbred genotypes exist from cosmopolitan and African flies. Therefore, we can determine whether the differences in colonizing populations are repeated inD. simulans, what the dynamics of transposable elements are in individual genotypes, and how that compares to wild flies. After estimating copy number in cosmopolitan and AfricanD. simulans, I find that transposable element load is higher in flies from cosmopolitan populations. In addition, transposable element load varies considerably between populations, between genotypes, but not overall between wild and inbred lines. Certain genotypes either contain active transposable elements or are more permissive of transposition and accumulate copies of particular transposable elements. Overall, it is important to quantify genotype‐specific transposable element dynamics as well as population averages to understand the dynamics of transposable element accumulation over time.
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