Genetic variation of St. Louis encephalitis virus.
Genetic variation of St. Louis encephalitis virus.
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DOI：
10.1099/vir.0.2008/000190-0
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发表时间：
2008-08
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Barrett ADT
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
May FJ;Li L;Zhang S;Guzman H;Beasley DWC;Tesh RB;Higgs S;Raj P;Bueno R;Randle Y;Chandler L;Barrett ADT
自1933年以来，圣路易斯脑炎病毒（SLEV）在整个美洲定期被分离出来。先前涉及62个分离株的系统发育研究确定了7个主要谱系（I-VII），进一步划分为14个分支。在这项研究中，对1991年和2001-2003年在德克萨斯州分离的28株毒株，以及来自牙买加和加利福尼亚的3株先前未测序的更早的毒株进行了包膜蛋白基因测序。这些新序列的纳入，以及自2001年以来发表的其他序列，允许更好地描绘先前发表的SLEV谱系，特别是谱系II的分支。106株分离株的系统发育分析鉴定出13支系。Nueces、Jefferson和Harris县（德克萨斯州墨西哥湾沿岸）1991年和2001-2003年的所有分离株都属于IIB支群，这些县的其他分离株是在1980年代和1990年代分离的。缺乏证据表明在很长一段时间内将新菌株引入德克萨斯州墨西哥湾沿岸，这与该地区SLEV的越冬是一致的。2002年的两个埃尔帕索分离株与1998-2001年的加利福尼亚分离株和一些时间范围较广的南美菌株属于VA进化支。总体而言，这些数据与SLEV从南美多次传入北美的情况一致，并支持在大多数情况下SLEV在一个地区内传播的假设，偶尔会有来自其他地区的入侵。最后，SLEV的核苷酸（10.1%）和氨基酸变异（2.8%）远低于日本脑炎病毒复合体的其他成员（最大变异为24.6%核苷酸和11.8%氨基酸）。
St. Louis encephalitis virus (SLEV) has been regularly isolated throughout the Americas since 1933. Previous phylogenetic studies involving 62 isolates have defined seven major lineages (I–VII), further divided into 14 clades. In this study, 28 strains isolated in Texas in 1991 and 2001–2003, and three older, previously unsequenced strains from Jamaica and California were sequenced over the envelope protein gene. The inclusion of these new sequences, and others published since 2001, has allowed better delineation of the previously published SLEV lineages, in particular the clades of lineage II. Phylogenetic analysis of 106 isolates identified 13 clades. All 1991 and 2001–2003 isolates from Nueces, Jefferson and Harris Counties (Texas Gulf Coast) group in clade IIB with other isolates from these counties isolated during the 1980s and 1990s. This lack of evidence for introduction of novel strains into the Texas Gulf Coast over a long period of time is consistent with overwintering of SLEV in this region. Two El Paso isolates, both from 2002, group in clade VA with recent Californian isolates from 1998–2001 and some South American strains with a broad temporal range. Overall, these data are consistent with multiple introductions of SLEV from South America into North America, and provide support for the hypothesis that in most situations, SLEV circulates within a locality, with occasional incursions from other areas. Finally, SLEV has much lower nucleotide (10.1 %) and amino acid variation (2.8 %) than other members of the Japanese encephalitis virus complex (maximum variation 24.6 % nucleotide and 11.8 % amino acid).
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影响因子：
5.4
作者：
Holmes, EC
通讯作者：
Holmes, EC
影响因子：
3.7
作者：
Beasley, DWC;Li, L;Barrett, ADT
通讯作者：
Barrett, ADT
影响因子：
3.8
作者：
Berthet, FX;Zeller, HG;Deubel, V
通讯作者：
Deubel, V
影响因子：
3.7
作者：
Ciota, Alexander T.;Lovelace, Amy O.;Kramer, Laura D.
通讯作者：
Kramer, Laura D.
DOI：
10.4269/ajtmh.1981.30.699
发表时间：
1981-01-01
影响因子：
3.3
作者：
FRANCY, DB;RUSH, WA;BOLIN, RA
通讯作者：
BOLIN, RA