Track data hubs enable visualization of user-defined genome-wide annotations on the UCSC Genome Browser.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btt637
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发表时间：
2014-04-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Kent WJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Raney BJ;Dreszer TR;Barber GP;Clawson H;Fujita PA;Wang T;Nguyen N;Paten B;Zweig AS;Karolchik D;Kent WJ
摘要：跟踪数据中心提供了一种有效的机制，用于可视化远程托管的可通过互联网访问的基因组注释集合。Hub数据集可以组织、配置并完全集成到加州大学圣克鲁斯分校（UCSC）基因组浏览器中，并通过熟悉的浏览器界面进行访问。个人可以第一次使用完整的浏览器功能集来查看自定义数据集，而无需设置和维护镜像。可用性和实施：BigWig、BigBed和基因组浏览器软件的源代码可在http：//hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/jksrc.zip上免费获得，用于非商业用途，这些源代码是用C实现的，并在Linux上得到支持。BigWig和BigBed创建和解析实用程序的二进制文件可以从http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/下载。二进制比对/映射（BAM）和变异调用格式（VCF）/tabix实用程序可从http://samtools.sourceforge.net/和http://vcftools.sourceforge.net/获得。UCSC基因组浏览器可在http://genome.ucsc.edu上公开访问。联系方式：donnak@soe.ucsc.edu
Summary: Track data hubs provide an efficient mechanism for visualizing remotely hosted Internet-accessible collections of genome annotations. Hub datasets can be organized, configured and fully integrated into the University of California Santa Cruz (UCSC) Genome Browser and accessed through the familiar browser interface. For the first time, individuals can use the complete browser feature set to view custom datasets without the overhead of setting up and maintaining a mirror. Availability and implementation: Source code for the BigWig, BigBed and Genome Browser software is freely available for non-commercial use at http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/jksrc.zip, implemented in C and supported on Linux. Binaries for the BigWig and BigBed creation and parsing utilities may be downloaded at http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/. Binary Alignment/Map (BAM) and Variant Call Format (VCF)/tabix utilities are available from http://samtools.sourceforge.net/ and http://vcftools.sourceforge.net/. The UCSC Genome Browser is publicly accessible at http://genome.ucsc.edu. Contact: donnak@soe.ucsc.edu
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影响因子：
14.9
作者：
Dreszer TR;Karolchik D;Zweig AS;Hinrichs AS;Raney BJ;Kuhn RM;Meyer LR;Wong M;Sloan CA;Rosenbloom KR;Roe G;Rhead B;Pohl A;Malladi VS;Li CH;Learned K;Kirkup V;Hsu F;Harte RA;Guruvadoo L;Goldman M;Giardine BM;Fujita PA;Diekhans M;Cline MS;Clawson H;Barber GP;Haussler D;James Kent W
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Searle SM
影响因子：
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作者：
Meyer LR;Zweig AS;Hinrichs AS;Karolchik D;Kuhn RM;Wong M;Sloan CA;Rosenbloom KR;Roe G;Rhead B;Raney BJ;Pohl A;Malladi VS;Li CH;Lee BT;Learned K;Kirkup V;Hsu F;Heitner S;Harte RA;Haeussler M;Guruvadoo L;Goldman M;Giardine BM;Fujita PA;Dreszer TR;Diekhans M;Cline MS;Clawson H;Barber GP;Haussler D;Kent WJ
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