ASD: a comprehensive database of allosteric proteins and modulators.
ASD: a comprehensive database of allosteric proteins and modulators.
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DOI：
10.1093/nar/gkq1022
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发表时间：
2011-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Zhang J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Huang Z;Zhu L;Cao Y;Wu G;Liu X;Chen Y;Wang Q;Shi T;Zhao Y;Wang Y;Li W;Li Y;Chen H;Chen G;Zhang J
变构是调节蛋白质功能最直接、最快速、最有效的方法，从控制代谢机制到信号转导途径都有涉及。然而，大量的非系统变构信息阻碍了科学家从这一领域获益。在这里，我们提出了变构数据库（ASD），这是第一个在线数据库，为变构分子的结构、功能和相关注释的显示、搜索和分析提供了一个中心资源。目前，ASD包含101种336种变构蛋白和3大类8095种调节剂（激活剂、抑制剂和调节剂）。对蛋白质进行了详细的注释，描述了变构、生物过程和相关疾病，以及具有结合亲和力的调节剂、理化性质和治疗领域。整合ASD中变构蛋白的信息应该允许在同一家族的蛋白质中识别特定亚型的特定变构位点，这些变构位点可能作为实验验证的理想靶点。此外，在ASD中调控的调节剂可以用来研究所查询化合物的有效变构靶点，也可以帮助化学家实现结构修饰，以设计新的变构药物。因此，ASD可以成为生物学家和药物化学家进一步开展变构研究的平台和起点。ASD可在http://mdl.shsmu.edu.cn/ASD/免费获得。
Allostery is the most direct, rapid and efficient way of regulating protein function, ranging from the control of metabolic mechanisms to signal-transduction pathways. However, an enormous amount of unsystematic allostery information has deterred scientists who could benefit from this field. Here, we present the AlloSteric Database (ASD), the first online database that provides a central resource for the display, search and analysis of structure, function and related annotation for allosteric molecules. Currently, ASD contains 336 allosteric proteins from 101 species and 8095 modulators in three categories (activators, inhibitors and regulators). Proteins are annotated with a detailed description of allostery, biological process and related diseases, and modulators with binding affinity, physicochemical properties and therapeutic area. Integrating the information of allosteric proteins in ASD should allow for the identification of specific allosteric sites of a given subtype among proteins of the same family that can potentially serve as ideal targets for experimental validation. In addition, modulators curated in ASD can be used to investigate potent allosteric targets for the query compound, and also help chemists to implement structure modifications for novel allosteric drug design. Therefore, ASD could be a platform and a starting point for biologists and medicinal chemists for furthering allosteric research. ASD is freely available at http://mdl.shsmu.edu.cn/ASD/.
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DOI：
10.1038/nrd2760
发表时间：
2009-01
期刊：
Nature reviews. Drug discovery
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.9
作者：
Harmar AJ;Hills RA;Rosser EM;Jones M;Buneman OP;Dunbar DR;Greenhill SD;Hale VA;Sharman JL;Bonner TI;Catterall WA;Davenport AP;Delagrange P;Dollery CT;Foord SM;Gutman GA;Laudet V;Neubig RR;Ohlstein EH;Olsen RW;Peters J;Pin JP;Ruffolo RR;Searls DB;Wright MW;Spedding M
通讯作者：
Spedding M
影响因子：
14.9
作者：
UniProt Consortium
通讯作者：
UniProt Consortium
DOI：
10.1126/science.1159052
发表时间：
2008-10-17
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Lee J;Natarajan M;Nashine VC;Socolich M;Vo T;Russ WP;Benkovic SJ;Ranganathan R
通讯作者：
Ranganathan R
影响因子：
14.9
作者：
Hulo N;Bairoch A;Bulliard V;Cerutti L;Cuche BA;de Castro E;Lachaize C;Langendijk-Genevaux PS;Sigrist CJ
通讯作者：
Sigrist CJ