Comparative analysis of CpG islands among HBV genotypes.
Comparative analysis of CpG islands among HBV genotypes.
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HBV基因型间CpG岛的比较分析
DOI：
10.1371/journal.pone.0056711
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Zhang J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang Y;Li C;Zhang Y;Zhu H;Kang Y;Liu H;Wang J;Qin Y;Mao R;Xie Y;Huang Y;Zhang J
人们越来越认识到 DNA 甲基化在乙型肝炎病毒 (HBV) 基因表达的调节中发挥着重要作用。本研究的目的是比较不同 HBV 基因型之间的 CpG 岛分布。我们分析了从 GenBank 数据库获得的 176 个全长 HBV 基因组序列（属于基因型 A 到 J），以鉴定 HBV 基因组中的 CpG 岛。我们的结果表明，虽然 176 个序列中的 79 个包含如前所述的三个常规 CpG 岛 (I–III)，但 83 个 HBV 序列仅包含三个已知岛中的两个。在其余 14 个 HBV 分离株中鉴定出新的 CpG 岛，并将其命名为 CpG 岛 IV、V 和 VI。在 8 种已知的 HBV 基因型和 2 种假定的基因型中，含有 3 个 CpG 岛的 HBV 基因组在 A、B、D、E 和 I 基因型中占主导地位；基因型 C、F、G 和 H 往往仅包含两个 CpG 岛（II 和 III）。总之，CpG 岛是宿主功能介导的 DNA 甲基化的潜在靶标，在 HBV 基因型之间存在差异，这些 CpG 岛分布的基因型特异性差异可以为理解 HBV 基因表达的表观遗传调控和乙型肝炎疾病结果提供新的见解。
DNA methylation is being increasingly recognized to play a role in regulation of hepatitis B virus (HBV) gene expression. The aim of this study was to compare the CpG island distribution among different HBV genotypes. We analyzed 176 full-length HBV genomic sequences obtained from the GenBank database, belonging to genotypes A through J, to identify the CpG islands in the HBV genomes. Our results showed that while 79 out of 176 sequences contained three conventional CpG islands (I–III) as previously described, 83 HBV sequences harbored only two of the three known islands. Novel CpG islands were identified in the remaining 14 HBV isolates and named as CpG island IV, V, and VI. Among the eight known HBV genotypes and two putative genotypes, while HBV genomes containing three CpG islands were predominant in genotypes A, B, D, E, and I; genotypes C, F, G, and H tended to contain only two CpG islands (II and III). In conclusion, the CpG islands, which are potential targets for DNA methylation mediated by the host functions, differ among HBV genotypes, and these genotype-specific differences in CpG island distribution could provide new insights into the understanding of epigenetic regulation of HBV gene expression and hepatitis B disease outcome.
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