CarbArrayART: a new software tool for carbohydrate microarray data storage, processing, presentation, and reporting.
CarbArrayART: a new software tool for carbohydrate microarray data storage, processing, presentation, and reporting.
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DOI：
10.1093/glycob/cwac018
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发表时间：
2022-06-13
期刊：
影响因子：
4.3
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
聚糖微阵列是糖生物学的重要工具，被广泛用于在不同的聚糖识别系统中分配聚糖配体。我们开发了一款名为碳水化合物微阵列分析和报告工具 (CarbArrayART) 的新软件，以满足聚糖微阵列数据管理可分布式应用程序的需求。 CarbArrayART 的主要功能包括： (i) 存储来自不同阵列布局的量化阵列数据以及扫描数据和阵列特定元数据，例如阵列聚糖列表、阵列几何结构、聚糖结合样品的信息和实验方案。 (ii) 以图表、表格和热图形式呈现微阵列数据，这些数据源自根据成像扫描数据和阵列几何形状计算的平均荧光强度值，以及根据单糖含量和聚糖序列的过滤和排序功能。 (iii) 以 Word、PDF 和 Excel 格式导出用于报告的数据，以及符合 MIRAGE（糖组学实验所需的最低信息）准则的元数据。 CarbArrayART 设计用于任何基于载玻片的聚糖微阵列实验的记录、存储和管理的常规使用。与 MIRAGE 指南相结合，CarbArrayART 解决了糖生物学的关键问题，即用于评估再现性和有效性的数据清晰度。
Glycan microarrays are essential tools in glycobiology and are being widely used for assignment of glycan ligands in diverse glycan recognition systems. We have developed a new software, called Carbohydrate microArray Analysis and Reporting Tool (CarbArrayART), to address the need for a distributable application for glycan microarray data management. The main features of CarbArrayART include: (i) Storage of quantified array data from different array layouts with scan data and array-specific metadata, such as lists of arrayed glycans, array geometry, information on glycan-binding samples, and experimental protocols. (ii) Presentation of microarray data as charts, tables, and heatmaps derived from the average fluorescence intensity values that are calculated based on the imaging scan data and array geometry, as well as filtering and sorting functions according to monosaccharide content and glycan sequences. (iii) Data export for reporting in Word, PDF, and Excel formats, together with metadata that are compliant with the guidelines of MIRAGE (Minimum Information Required for A Glycomics Experiment). CarbArrayART is designed for routine use in recording, storage, and management of any slide-based glycan microarray experiment. In conjunction with the MIRAGE guidelines, CarbArrayART addresses issues that are critical for glycobiology, namely, clarity of data for evaluation of reproducibility and validity.
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影响因子：
14.9
作者：
Fujita A;Aoki NP;Shinmachi D;Matsubara M;Tsuchiya S;Shiota M;Ono T;Yamada I;Aoki-Kinoshita KF
通讯作者：
Aoki-Kinoshita KF
影响因子：
46.9
作者：
Fukui, S;Feizi, T;Chai, WG
通讯作者：
Chai, WG
DOI：
10.1073/pnas.1800853116
发表时间：
2019-02-05
影响因子：
11.1
作者：
Geissner, Andreas;Reinhardt, Anika;Seeberger, Peter H.
通讯作者：
Seeberger, Peter H.
影响因子：
7.8
作者：
Oyelaran, Oyindasola;Gildersleeve, Jeffrey C.
通讯作者：
Gildersleeve, Jeffrey C.
影响因子：
16.6
作者：
Rillahan CD;Paulson JC
通讯作者：
Paulson JC