Molekulare Modellierung der Bindung von Peptiden und Proteinen an Oxidkeramikoberflächen

Im Rahmen des vorgeschlagenen Projekts sollen die molekularen Mechanismen der Bindung von synthetischen Peptiden und natürlichen Proteindomänen an oxidkeramische Oberflächen untersucht韦尔登.通过分子动力学模拟在最现实的系统中实现了一个氧化物表面层和表面层的结构韦尔登：表面层在原子中形成，有机矩阵通过肽的结构和分子结构的相互作用得到解释。由于肽具有很大的灵活性，因此可以将其与Oberfläche和肽分子一起进行重组，添加剂也可以作为药物的添加剂。Neben Strukturinformationen sollen mit Hilfe einer Simulation dieses Systems die Bindungstaining inität der Peptide an die Oberfläche ermittelt韦尔登.最大的牛皮纸，即最好的牛皮纸，在变形和变形模拟（TP 5）中也有参数。通过韦尔登分析验证肽溶液的建模，可以得到一个更高的结合率。Die Eigenschaften dieser Peptide韦尔登werden dann experimentell überprüft（EMC microcollections GmbH，TP 3）.在设计新肽时，需要详细分析微生物中的矿物质结合蛋白质。项目合作伙伴（TP 1，2和3）的文献数据和序列数据（TP 1，2和3）将使韦尔登家族的蛋白质库建立起来，形成一个系统的序列和一个结构模型。

Im Rahmen des vorgeschlagenen Projekts sollen die molekularen Mechanismen der Bindung von synthetischen Peptiden und natürlichen Proteindomänen an oxidkeramische Oberflächen untersucht werden. Die Struktur von Peptiden an einer oxidkeramischen Oberfläche und deren Wechselwirkungen werden durch molekulardynamische Simulationen möglichst realistischer Systeme untersucht: die keramische Oberfläche wird in atomarer Auflösung beschrieben, die organische Matrix wird durch mehrere Schichten von Peptiden dargestellt, und das Lösungsmittel wird explizit berücksichtigt. Da die Peptide sehr flexibel sind, wird erwartet, dass ihre bevorzugte Konformation von der Wechselwirkung mit der Oberfläche, anderen Peptidmolekülen, Additiven wie zum Beispiel Sacchariden sowie dem Lösungsmittel bestimmt ist. Neben Strukturinformationen sollen mit Hilfe einer Simulation dieses Systems die Bindungsaffinität der Peptide an die Oberfläche ermittelt werden. Die maximale Kraft, die zur Ablösung von der Oberfläche benötigt wird, geht dann als Parameter in die Simulationen des Verformungs- und Versagensverhaltens ein (TP 5). Durch eine Modellierung verschiedener Peptide sollen außerdem Peptidsequenzen vorhergesagt werden, die zu einer erhöhten Bindung führen. Die Eigenschaften dieser Peptide werden dann experimentell überprüft (EMC microcollections GmbH, TP 3). In das Design neuer Peptide gehen außerdem die Ergebnisse einer detaillierten Analyse der in verschiedenen Organismen identifizierten mineralbindenden Proteindomänen ein. Zur Erfassung von Literaturdaten und Sequenzdaten der Projektpartner (TP 1, 2 und 3) werden familienspezifische Proteindatenbanken erstellt, die einen systematischen Sequenzvergleich und eine Strukturmodellierung ermöglichen.