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SGER: Design of a Biomolecular Distributed Operating Systems

SGER: Design of a Biomolecular Distributed Operating Systems
SGER:生物分子分布式操作系统的设计
批准号:
9810000
负责人:
John Reif
金额:
$5.0万
依托单位:
依托单位国家:
美国
项目类别:
Standard Grant
财政年份:
1998
资助国家:
美国
项目状态:
已结题
起止时间:
1998-08-15 至 1999-07-31

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
生物分子计算(BMC)使用生物化学方法在分子水平上进行计算。本研究的目标是确定BMC的分布式操作系统(BMC- os)所需的关键功能,包括:(i)分布式控制流,(ii)分布式消息传输和消息处理,(iii)数据和文件的分发和检索,(iv)局部优化,(v)数据完整性保证,以及(vi)分布式i /O。这一努力集中在几个对BMC-OS设计影响最大的关键主题上:(a)完整性保证,减少I/O和错误弹性——计算机科学和生化技术的结合被用来做数据指纹识别,一个非常高的扇形数据分发方法(使用冗余编码)将被用来增加数据错误弹性。(b) BMC- os的模型和仿真软件——参数化性能模型用于反映BMC- os控制的几何和其他约束(例如,溶液和试剂浓度、DNA链的空间分布、温度、盐度等),包括MEMs技术在BMC自动化中的应用。
英文摘要
Biomolecular molecular computation (BMC) uses biochemical methods to do computation at the molecular level. The goal of this research is to determine key required capabilities of a distributed operating system (BMC-OS) for BMC, including: (i) distributed flow of control,(ii) distributed message transmission and message handling, (iii) distribution and retrieval of data and files,(iv) locality optimizations, (v) data integrity assurance, an(vi)distributed I/O. The effort is focusing on a few key topics which have the most impact on the design of a BMC-OS :(a) Integrity Assurance, Decreased I/O and Error Resiliency--a combination of computer science and biochemical techniques are being used to do data fingerprinting and a very high fan-out data distribution method (using redundant coding) will be used to increase data error resiliency. (b) Models and Simulation Software for BMC-OS--Parameterized performance models are used to reflect the geometric and other constraints (e.g., solution and reagent concentration, spatial distribution of DNA strands, temperature, salinity, etc.) on the BMC-OS control, including the application of MEMs technology to automate BMC.
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会议论文
SHF: Small: High-speed DNA polymerase CRNs for signal amplification, oscillation, consensus, and linear control
  • 批准号:
    2113941
  • 项目类别:
    Standard Grant
  • 资助金额:
    $50.0万
  • 财政年份:
    2021
  • 负责人:
    John Reif
  • 依托单位:
NSF Student Travel Grant for Sixteenth Conference on the Foundations of Nanoscience (FNANO 2019)
  • 批准号:
    1851695
  • 项目类别:
    Standard Grant
  • 资助金额:
    $1.2万
  • 财政年份:
    2019
  • 负责人:
    John Reif
  • 依托单位:
SHF: Small: Distributed DNA Computations Operating on a Collection of Cell Membranes
  • 批准号:
    1909848
  • 项目类别:
    Standard Grant
  • 资助金额:
    $30.0万
  • 财政年份:
    2019
  • 负责人:
    John Reif
  • 依托单位:
SHF: Small: Hot DNA Computation: Speeding up DNA-based Computation, CRNs, and Robotics using Strand-Displacing Polymerase
  • 批准号:
    1813805
  • 项目类别:
    Standard Grant
  • 资助金额:
    $22.5万
  • 财政年份:
    2018
  • 负责人:
    John Reif
  • 依托单位:
国内基金
海外基金
Applications of AI in Market Design
  • 批准号:
    --
  • 项目类别:
    外国青年学者研 究基金项目
  • 资助金额:
    --
  • 批准年份:
    2024
  • 负责人:
    Manshu Khanna
  • 依托单位:
基于“Design-Build-Test”循环策略的新型紫色杆菌素组合生物合成研究
  • 批准号:
  • 项目类别:
    省市级项目
  • 资助金额:
    --
  • 批准年份:
    2021
  • 负责人:
  • 依托单位:
在噪声和约束条件下的unitary design的理论研究
  • 批准号:
    12147123
  • 项目类别:
    专项基金项目
  • 资助金额:
    18万元
  • 批准年份:
    2021
  • 负责人:
    顾炎武
  • 依托单位: