Multiscale Approach to Biomolecular Interactions: From Molecular Dynamics to Brownian Dynamics Simulation of Chromatin Components

Eine der groçen，Bisher unGelösten Herosforderungen der Simulation超分子计算机系统中的生物原子Längen-und Zeitskalen(~0.1-1 nm和10-9-10-7s)，Wie z.B.在der MolekularDynamik(MD)darsterellt der den können，zu modellen dar，die Biologische Prozesse auf wesentlich gröçeren Skalen bechreiben(z.B.nm-m and MS-S)。您的位置：我也知道>地区/地区>。Ein solches Vorgehen is von bedeutung für die bedeutung für die Beschreibung der Strukur and Dynamik von Chromatin.，wo bekannt ist，dass Phäonomene auf tom Gröung enskala(Z.B.histon-und DNA-Modifikationen)de Globale Organization des Genom steuern können.这是一种很难理解的现象，也是一种错误的现象，它是一种特殊的行为方式，是一种错误的行为方式。这个MD-Model auf Längere Zeitskalen oszudehnen，是我们的经验之谈，我们的经验来自于L。本文分析了MD-Simulationen Sollen Schlieülich Die Die Lich Freiheits等级结构变化的原因。麻省理工学院在BD-Simulationen zu entwickeln中提供的信息包括染色质模型和染色质模型，因此我们选择了Längeren Raum-und Zeitskalen Möglich wich wird。

Eine der großen, bisher ungelösten Herausforderungen bei der Simulation supramolekularer Systeme in der Biologie stellt der Übergang von atomaren Längen- und Zeitskalen (~0.1-1 nm und 10-9-10-7s), wie sie z.B. in der Molekulardynamik (MD) dargestellt werden können, zu Modellen dar, die biologische Prozesse auf wesentlich größeren Skalen beschreiben (z.B. nm-¿m und ms-s). Unser Projekt hat zum Ziel, die Informationen auf unterschiedlichen Größen- und Zeitskalen möglichst nahtlos zu verknüpfen. Ein solches Vorgehen ist von besonderer Bedeutung für die Beschreibung der Struktur und Dynamik von Chromatin., wo bekannt ist, dass Phänomene auf atomarer Größenskala (z.B. Histon- und DNA-Modifikationen) die globale Organisation des Genoms steuern können. Um große Raum- und Zeitskalen zu erfassen, werden wir über MD-Modelle vereinfachte parametrisierte Beschreibungen der Dynamik und Wechselwirkungen in Chromatinentwickeln, die in Modellen ¿höherer Ordnung¿, insbesondere Brownscher Dynamik (BD), vorteilhaft eingesetzt werden können. Um MD-Modelle auf längere Zeitskalen auszudehnen, werden wir empirische Kontinuumbeschreibungen für das Lösungsmittel entwickeln. Über eine Hauptkomponentenanalyse der MD-Simulationen sollen schließlich die wesentlichen Freiheitsgrade struktureller Variationen im Nukleosom ermittelt werden. Mit diesen Informationen wird es möglich sein, die bisher für Chromatin eingesetzten Segmentkettenmodelle wesentlich besser zu parametrisieren und neue Wechselwirkungspotentiale für den Einsatz in BD-Simulationen zu entwickeln, so dass die Modellierung von Chromatin auf wesentlich längeren Raum- und Zeitskalen möglich wird.