Design, analysis, development and experimental validation of genome comparison algorithms using the SeqAn library

使用 SeqAn 库设计、分析、开发和实验验证基因组比较算法

• 批准号: 149054717
• 负责人: Professor Dr. Knut Reinert
• 金额: --
• 依托单位: Arbeitsgruppe Algorithmische Bioinformatik
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Priority Programmes
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2008-12-31 至 2014-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/149054717?language=en
• 关键词: Design; analysis; development; experimental; validation

Unser Plan ist, die zwei Hauptziele des ursprünglichen Antrages weiter zu verfolgen. Diese sind: (1) Entwurf, Analyse, Implementierung und experimentelle Auswertung von effizienten und möglichst allgemein anwendbaren Algorithmen zum Genomvergleich, basierend auf geeigneten Modellen. (2) Die Integration aller benötigten algorithmischen Komponenten in die SeqAn Bibliothek zur biologischen Sequenzanalyse zur Verbreitung der Kernalgorithmen und -datenstrukturen in der Bioinformatik und dem Algorithm Engineering. Methoden zum Vergleich von Genomen werden mit immer mehr verfügbaren genomischen Sequenzen wichtiger als jemals zuvor. Es gibt zahlreiche Anwendungen. Diese reichen vom Vergleich verschiedener Genomassemblies und phylogenetischen Studien bis zu Analysen zur Beantwortung grunds¨ atzlicher Fragen zur Funktionsweise von Genomevolution. Im Bereich der Algorithmen zum Genomvergleich ist die Lücke zwischen Theorie der Algorithmik und der praktischen Implementierung durch den beispiellosen Anstieg der Menge der verfügbaren genomischen Daten besonders stark zu erkennen. Um diese Lücke zu schließen, ist das zweite Ziel dieses Projektes die SeqAn Softwarebibliothek zu erweitern, um die algorithmischen Komponenten zur Analyse großer genomischer Datenmengen bereit zu stellen und als experimentelle Plattform für Entwurf, Analyse und Implementierung von Bioinformatikalgorithmen auf dem aktuellen Stand der Forschung zu dienen.

这是我的计划，但我不会放弃的。(1)研究、分析、实施和实验：(1)分析、实现和实验；(2)分析、实现和实验；(2)在生物信息学和DEM算法工程中，对核心算法和DEM算法工程中的核心算法和数据进行序列分析。他说：“这是一种非常重要的方法。”这就是安文顿根。Diese Reichen vom Vergleich verschiedener基因组和系统发育研究zur bizu分析zur Beantwortung grunds-atzlicher Fragen zur FunktionSweise von基因组进化。我是L的算法理论和实践实现的算法，这是一种新的理论和实践。我们将从软件文献和算法分析的角度，分析和实现生物信息学的算法。