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Genomweite Analysen zur Kartierung von Genen und zur Vorhersage genomischer Zuchtwerte unter Berücksichtigung von Genoytyp-Umwelt-Interaktionen am Beispiel des Milchrindes

以奶牛为例，考虑基因型与环境的相互作用，进行全基因组分析，绘制基因图谱并预测基因组育种值

基本信息

批准号：
157685882
负责人：
Professor Dr. Jörn Bennewitz
金额：
--
依托单位：
Institut für Tierzucht und Tierhaltung
依托单位国家：
德国
项目类别：
Research Grants
财政年份：
2010
资助国家：
德国
起止时间：
2009-12-31 至 2013-12-31
项目状态：
已结题

来源：
https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/157685882?language=en
关键词：
Genomweite Analysen zur Kartierung von

项目摘要

In dem Forschungsvorhaben werden zunächst Genotyp-Umwelt-Interaktionen (GxU) auf Einzelgen-Ebene beim Milchrind für die Merkmale der Milchleistung und der Eutergesundheit aufgedeckt. Die Identifizierung der GxU erfolgt mit Einzelgen-Reaktionsnorm-Modellen und massiven und genomweiten SNP-Markerdaten, welche für ca. 500 nachkommengeprüfte Vererber der Rasse Deutsche Holsteins zur Verfügung stehen. Als Umweltfaktoren werden die Produktionsniveaus der Herden, in der die Töchter der Vererber gehalten werden, definiert. Die Genotypen der Töchter werden durch die der Väter approximiert. Die Verteilung der entdeckten GxU-Effekte werden für die jeweiligen Merkmale und Umwelten abgeleitet und als Input-Parameter für ein stochastisches Simulationsprogramm sowie zur Aufstellung informativer Priors genutzt. Darauf aufbauend werden Modelle zur genomweiten Zuchtwertschätzung mit Berücksichtigung von GxU entwickelt (genomische Selektion mit Berücksichtigung von GxU). Favorisiert werden Bayes-Modelle und nichtparametrische Regressionen, welche GxU durch Reaktionsnormen modellieren. Diese Modelle werden mittels stochastischer Simulationen hinsichtlich des Konvergenzverhaltens, des Rechenzeitbedarfs und der Vorhersagekraft genomischer Zuchtwerte geprüft und an realen Daten validiert.

在研究韦尔登中，基因型-环境-互动（GxU）在Milchrind的Einzelgen-Ebene上为Milchrind和Eutergesundesaufgedeckt的Merkmale提供。Die Identifizierung der GxU erfolgt mit Einzelgen-Reaktionsnorm-Modellen und Genomweiten SNP-Markerdaten，welche für ca. 500名德国荷斯坦奶牛的兽医正在检查。Als Umweltfaktoren韦尔登die Produktionsniveaus der Herden，in der die Töchter der Vererber gehalten韦尔登，definiert. Töchter韦尔登的基因型通过Väter的接近而形成。Die Verteilung der entdecken GxU-Effekte韦尔登für die jeweiligen Merkmale und Umwelten abgeleitet und als Input-Parameter für ein stochastisches Simulationsprogramm sowie zur Aufstellung informativer Priors genutzt. Darauf aufbauend韦尔登模型zur genomweiten Zuchtwertschätzung mit Berücksichtigung von GxU entwickelt（genomische Selektion mit Berücksichtigung von GxU）。最喜欢的是韦尔登模型和非参数回归，以及GxU通过Reaktionsnormen模型。该韦尔登包括对遗传学的随机模拟、对遗传学的再评价和对遗传学的再评价，以及对真实数据的有效性。