Bioinformatics Analysis of Regulatory Sites in Genomic DNA Sequences

基因组 DNA 序列调控位点的生物信息学分析

基本信息

  • 批准号:
    0234704
  • 负责人:
  • 金额:
    --
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
    Standard Grant
  • 财政年份:
    2003
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2003-02-01 至 2006-01-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

Gene expression is governed by a number of regulatory sites and mechanisms, many of which are still unknown or poorly studied. Regulatory sites are more difficult to predict and study than genes, because they are short, variable, and change faster than coding regions during evolution. A comparative analysis of short regulatory sites, including prokaryotic cis-regulatory sites, will be performed using the genomic DNA sequences from a wide range of species. The project will develop new methods for predicting sites based on inherent statistical properties of sequence data and on conservation of sequence across species, using the sequences of closely related species to improve prediction. These methods will be applied to multiple bacterial, plant, and animal genomes and the results made available via a website as well as available to the community in the form of the new software and databases. The research will provide insights into comparative characteristic of regulatory sites in different genomes and can also be used to improve gene prediction software.
基因表达受许多调控位点和机制的控制,其中许多仍然是未知的或研究不足。调控位点比基因更难预测和研究,因为它们很短,可变,并且在进化过程中比编码区变化更快。 将使用来自广泛物种的基因组DNA序列对短调控位点(包括原核顺式调控位点)进行比较分析。该项目将根据序列数据的固有统计特性和物种间序列的保守性,开发预测地点的新方法,利用密切相关物种的序列改进预测。这些方法将应用于多种细菌,植物和动物基因组,并通过网站提供结果,并以新软件和数据库的形式提供给社区。该研究将为不同基因组中调控位点的比较特征提供见解,也可用于改进基因预测软件。

项目成果

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知道了