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Role of Interfacial Water in the Formation of Specific, Transient, and Non-Specific Protein-Protein Interactions

界面水在特异性、瞬时和非特异性蛋白质-蛋白质相互作用形成中的作用

基本信息

批准号：
213951044
负责人：
Professor Dr. Volkhard Helms
金额：
--
依托单位：
Zentrum für Bioinformatik
依托单位国家：
德国
项目类别：
Research Grants
财政年份：
2012
资助国家：
德国
起止时间：
2011-12-31 至 2015-12-31
项目状态：
已结题

来源：
https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/213951044?language=en
关键词：
Role Interfacial Water Formation Specific

项目摘要

Etwa die Hälfte aller Proteine in Zellen bildet permanent oder zeitweilig Komplexe mit anderen Proteinen. Dabei binden die Partner in sehr spezifischen Orientierungen. Allerdings kollidieren Proteine aufgrund der normalen Diffusionsbewegung ständig mit anderen Molekülen. Diese nicht spezifischen Wechselwirkungen haben jedoch eine sehr kurze Lebensdauer. Bisher ist weitgehend ungeklärt, wie sich beide Arten von Kontakten unterscheiden. Es ist dagegen wohlbekannt, dass sich die Eigenschaften der Wassermoleküle in den Hydrathüllen von Biomolekülen deutlich von denen des reinen Wassers unterscheiden. Zum Beispiel haben wir in Simulationen zur Protein-Protein- Assoziation beobachtet, dass die Dielektrizitätskonstante des Wassers im Zwischenraum zwischen beiden Proteinen deutlich kleiner ist und verschiedene Werte entlang der drei Raumrichtungen besitzt. Wir postulieren hier, dass das umgebende Wasser an der Bindungsschnittstelle die Assoziationsrate zweier Proteine und die Lebensdauer des gebundenen Komplexes deutlich beeinflusst. Wir werden dies mit Hilfe von molekulardynamischen Computersimulationen für die drei Modellsysteme Barnase:Barstar, Cytochrom c:Cytochrom c Peroxidase und Enzym I:Histidin-Phosphocarrier untersuchen, deren Assoziationsverhalten experimentell bisher am besten untersucht wurde. Dieses Projekt wird damit einen wichtigen Beitrag zum Verständnis der Komplexität in biologischen Zellen, sowie für die Entwicklung von Wirkstoffen liefern, die Protein-Protein-Interaktionen hemmen sollen.

在Zellen bildet Permanent Order Zeitweilig Komplexe MIT and deren Proteinen中，Etwa die Hälfte aller Proteine in Zellen bildet Permanent Order Zeitweilig Komplexe MIT and deren Proteinen.大北宾登死于东方人的合伙人。所有人都认为这是一种正常的扩散。我不知道你是谁，我不知道你是谁。Bisher is weitgehend ungeklärt，Wie sich beide Arten von Kontakten unterscheiden.这是一个很大的问题，这是一项新的研究工作，因为这是一项新的工作。Zum Beispiel haben wir in Simulationen Zur蛋白质-Protein-Assoziation beobachtet，dass die dielektrizitätskonstante des wassers im Zwichenraum zwitchen beiden Proteinen deutlich Kleiner ist and verschiedene Werte entlang der drei Raumrichtungen beitzt.在此，我们将为您提供所需的蛋白质和相关的服务。我们用MIT Hilfe von MolekularDynamischen计算机模拟模型系统：Barstar，Cytochrom c：Cytochrom c过氧化物酶和酶I：组氨酸-磷酸载体脱氢酶，并进行了进一步的实验。Deses es Projekt Will Damit einen wichtigen Beitrag zum Verständnis der Komplexität在生物制品中，Sowie für die Entwickung von Wirkstoffen liefern，die Protein-Protein-Interaktionen hemman Sollen。