日本産ヒキガエル属における交雑帯を介した種分化機構の解明

阐明日本蟾蜍属杂交区介导的物种形成机制

• 批准号: 21J15839
• 负责人: 福谷 和美
• 金额: $ 0.96万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-28 至 2023-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21J15839/
• 关键词: MIG-seq; 集団遺伝; 次世代シーケンサー; ゲノムワイドSNP分析; ヒキガエル; 交雑帯; 両生類; ニッチモデリング; 分子系統解析

2022年度は、Mig-seq法により得られたSNPデータの解析を更に進めた。特に、亜種ニホンヒキガエルとアズマヒキガエル間には交雑帯が認められていたことから、その交雑帯の実態を調べることで、分類学的再検討につなげた。種ニホンヒキガエル155個体、ナガレヒキガエル13個体のシーケンスデータを用いた。まずシーケンスしたデータは、NCBIデータベースから取得した近縁種のゲノムデータに対してマッピングした後にジェノタイピングを行い、ジェノタイピング後のデータを用いて解析を行った。DAPC (discriminal analysis of principal components)、STRUCTURE解析、PCA(principal component analyses)の3つの検定に基づいて集団遺伝構造を推定した結果、ナガレヒキガエルの１クラスターを含む、5つのクラスターとなることが最適であることが推定された。種ニホンヒキガエル内では西日本に生息する亜種ニホンヒキガエル内と東日本に生息する亜種アズマヒキガエル内でそれぞれ2つの遺伝クラスターに分かれることが示唆された。次に、認められた種ニホンヒキガエル内の4つのクラスター間の交雑帯においてクライン解析を行った。その結果、分岐年代の古いクラスター間ほど、クラインの幅が狭く、交配に対する負の選択が強く存在する可能性が示唆された。特に、亜種ニホンヒキガエルとアズマヒキガエル間では遺伝的分化後の二次的接触が起きた年代を考慮すると、別種とみなすことができる程十分に交配に対する負の選択が存在することが示唆された。以上の結果は論文としてまとめ、国際誌への投稿の準備を進めている。

In 2022, the analysis of Mig-seq method and SNP analysis will be updated.特に、亜 kinds of ニホンヒキガエルとアズマヒキガエル间には交雑帯がcognizeめられていたことから、その交雑帯の実stateを动べることで、taxonomy of the re-examination of につなげた. There are 155 species of ニホンヒキガエル and 13 individuals of ナガレヒキガエルのシーケンスデータをいた.まずシーケンスしたデータは、NCBIデータベースからAcquired したNearly縁kindのゲノムデータに対してマッピングした后にジェノタイピングを行い、ジェノタイピング后のデータを Use いて to analyze を行った. DAPC (discriminal analysis of principal components), STRUCTURE analysis, PCA (principal component analyzes)の3つの検determinationにbaseづいて集団団伝 Structureを inferenceしたRESULTS、ナガレヒキガエルの１クラスターを合む, 5つのクラスターとなることがoptimum であることが presumed された. Kind of ニホンヒキガエル内ではWestern Japanese に生气する亜kind of ニホンヒキガエル内とEastern Japanese に生气する亜kind of アズマヒキガエル内でそれぞれ2つの伝クラスターに分かれることが说唆された. Time, recognize the められたkind of ニホンヒキガエル内の4つのクラスター间の交雑帯においてクラインanalytic を行った. The result of the その, the ancient いクラスターほど of the bifurcated era, the クラインの片が narrowく、MATING に対するnegative の选択がstrongく existence するpossibility がshows instigation された. The examination of the second contact after the differentiation of the special に、ニホンヒキガエルとアズマヒキガエル间では伝Consider すると, other kinds of とみなすことができる Cheng Shifen にMATING に対するnegative の选択がexistent することが INDUSTRY された. The results of the above are the preparation of the paper and the submission of the International Journal.

项目成果

日本産ヒキガエル属の集団遺伝構造

日本蟾蜍属的群体遗传结构

• 发表时间: 2021
• 作者: 福谷和美;松井正文;吉川夏彦;西川完途
• 通讯作者: 西川完途

Phylogeography of Rhabdias spp. (Nematoda: Rhabdiasidae) collected from Bufo species in Honshu, Shikoku, and Kyushu, Japan including possible cryptic species

横纹藻属的系统发育地理学。

• DOI: 10.1016/j.parint.2022.102612
• 发表时间: 2022
• 期刊: Parasitology International
• 影响因子: 1.9
• 作者: Marcaida Arvin Jet B.;Nakao Minoru;Fukutani Kazumi;Nishikawa Kanto;Urabe Misako
• 通讯作者: Urabe Misako