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Ancient genomics study on histories of crop species utilization in Jananese Archiperago

贾南群岛农作物物种利用历史的古代基因组学研究

基本信息

批准号：
21K00996
负责人：
熊谷真彦
金额：
$ 2.66万
依托单位：
National Agriculture and Food Research Organization
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K00996/
关键词：
DNAバーコーディング歯石古代DNA AmpliconSeq イネ雑穀古代ゲノム栽培史

项目摘要

【研究目的】本研究では、特定の種群に特化した専用マーカーによる高精度な分類法と核遺伝子・ゲノムの新規分析法の開発とにより、古代に利用されていた植物種や品種の特徴を詳細に理解することを目指す。具体的には、古代の歯石試料のDNAからイネ、アワ、キビ、ヒエに着目し、これらの確実な分類、詳細な品種群の同定、および特定種の核遺伝子解析による形質情報の取得手法の開発を目指している。これにより、古代のヒトの穀物利用の歴史の一端を解明することを目指す。【研究実施状況】本年度は古代人骨試料からの歯石のサンプリングを実施することができ、国内の多数の研究者の協力により、大幅に試料の充実化ができた。近世を中心に、古墳～弥生～縄文以前も並行して進め、累計200以上を収集し、日本列島の広範な地域、年代についてカバーするコレクションが集積できた。得られた歯石試料について、江戸時代の試料を中心に古代ＤＮＡ実験専用の施設、設備でのＤＮＡ抽出実験を進め、新規に設計したマーカーおよび先行研究でも用いられてきた、より汎用的なマーカーについてＰＣＲ法による増幅および次世代シーケンサーによる解読を進め順調にデータを得ることができた。同時代の炭化米などの炭化試料をもちいた研究と比して、非常に高効率でデータを得られる結果となっている。独自に開発した種系統を分類・同定する情報解析パイプラインを用いて、次世代シーケンサーで解読された配列データから種系統の分類もうまく行き、穀物の多様性に関しての知見が得られた。また、予想以上に配列の多様性が高い可能性がある結果も得られており、非常に興味深い。

[Objective] This study aims to develop a new method for the analysis of plant species and varieties with high accuracy and high utilization for specializations of specific populations. Specific information on the development of methods for obtaining qualitative information such as DNA generation, identification, classification, identification of specific species, and nuclear gene analysis of ancient dental stone samples. This article discusses the history of grain utilization in ancient China. [Research implementation status] This year, the ancient human bone samples from the tooth stone preparation process implementation, the majority of domestic researchers cooperation, large sample implementation. In recent times, the center of the Japanese archipelago, the ancient tomb, the ancient tomb. In order to improve the quality of DNA extraction, we have developed a new method for DNA extraction. We have developed a new method for DNA extraction. At the same time, the carbonization of the sample was studied and the results were obtained with very high efficiency. The classification and identification of seed systems are based on the analysis of information from the first generation to the second generation. The classification and identification of seed systems are based on the analysis of information from the second generation to the third generation. The diversity of the above arrangements is highly probable, and the results are highly interesting.