Regulation of the epigenome and gene expression by transposase

转座酶对表观基因组和基因表达的调节

• 批准号: 21K06239
• 负责人: 星野 敦
• 金额: $ 2.58万
• 依托单位: National Institute for Basic Biology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K06239/
• 关键词: トランスポゾン; エピジェネティクス; 植物; アサガオ; 転移酵素; DNAメチル化

本研究の目的は、トランスポゾンによるエピジェネティックな変異（エピ変異）の形成並びに遺伝子発現制御の関連を明らかにすることである。アサガオの刷毛目絞り変異体は、薄色地に濃色のストライプ模様の花を咲かせる。また、ストライプのない薄色、あるいは濃色の花だけを咲かせるエピ変異体を分離する。刷毛目絞り変異は花色遺伝子へのTpn1ファミリーのトランスポゾンであるTpn10の挿入であり、Tpn10の転移を伴わないエピ変異が花色変化を引き起こす。Tpn10は非自律性のトランスポゾンであり、TpnA1とTpnA2がTpn10に転移酵素を供給することが示唆されている。本年度は転移酵素とエピ変異の関連を調べるために、TpnA2の転移酵素遺伝子の過剰発現体の作成を試みた。現在までに再生個体を30以上得ているが、その中に過剰発現体は含まれていない。一方、エピ変異体の全ゲノム配列を解析することでTpnA1とTpnA2のコピー数を調べた。刷毛目絞りの花を咲かせる個体のde novoに解読した全ゲノム配列には、TpnA1が4コピー、TpnA2が1コピー存在した。一方、薄色と濃色の花だけを咲かせるエピ変異体のゲノム配列をリシーケンスして解析したところ、転移脱離によるTpnA1とTpnA2のコピー数の減少がないことを確認できた。またさらに、ロングリードが得られるシークエンサーを用いた新しいDNAメチル化の解析方法の開発を試みた。刷毛目絞り変異座とTpnA2だけを解析する標的シークエンスを、先進ゲノム支援によるサポートを受けて実施した。その結果、半数以上の標的領域で期待したロングリードを得ることができた。

The purpose of this study is to clarify the relationship between the formation and development of genetic diversity. The color of the brush is different, and the color of the brush is different.また、ストライプのない薄色、あるいは浓色の花だけを咲かせるエピ変异体を分离する。Tpn1, Tpn10, Tpn10 Tpn10 is a non-autonomous enzyme. Tpn 1 is a non-autonomous enzyme. Tpn 2 is an enzyme. This year, we will try to create a new generation of TpnA2-related enzymes. Now the regeneration of individuals more than 30 years old, and in the middle of the generation of organisms are included in the list. A square, a square. The hair is twisted and the flowers are cut off. The hair is cut off. A square, thin and thick color of the flower is divided into two groups. The number of different types of flowers is divided into three groups. The development of a new method for analyzing DNA fragmentation was attempted. TpnA2: Advanced support for the brush. More than half of the target areas are expected to be successful.

项目成果

γ線照射により作出されたアサガオ新規白花突然変異体

γ射线辐照培育的白花牵牛花新突变体

• 发表时间: 2023
• 作者: 荷見円;岡野凌平;勝山弘章;高橋悠愛佳;水野貴行;星野敦;仁田坂英二;久保山勉
• 通讯作者: 久保山勉

Effectiveness of Create ML in microscopy image classifications: a simple and inexpensive deep learning pipeline for non-data scientists

• DOI: 10.1007/s10577-021-09676-z
• 发表时间: 2021-10
• 期刊: Chromosome Research
• 影响因子: 2.6
• 作者: K. Nagaki;Tomoyuki Furuta;N. Yamaji;Daichi Kuniyoshi;Megumi Ishihara;Y. Kishima;Minoru Murata;A. Hoshino;Hirotomo Takatsuka

アサガオ：ゲノム情報でキラリと光りはじめた日本独自のバイオリソース

牵牛花：日本独特的生物资源，开始因基因组信息而大放异彩

• 发表时间: 2022
• 作者: 星野敦;白澤健太;仁田坂英二
• 通讯作者: 仁田坂英二

アサガオの花弁周縁部に特異的な三重化した遺伝子のRNAサイレンシング

牵牛花花瓣边缘特异基因的RNA沉默

• 发表时间: 2022
• 作者: 中川颯也;朴慶一;森田裕将;飯田滋;星野敦
• 通讯作者: 星野敦

アサガオの側方裂片形成・分裂組織の制御に関わる孔雀(PEAR)遺伝子の解析

牵牛花侧裂形成和分生组织调控中孔雀（PEAR）基因的分析

• 发表时间: 2022
• 作者: 勝矢翔真;星野敦;白澤健太;仁田坂英二
• 通讯作者: 仁田坂英二