ナノポア・シーケンサーを用いた網羅的な病原体検査法の実証

使用纳米孔测序仪的综合病原体检测方法演示

• 批准号: 21K07375
• 负责人: 前田 卓哉
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Saitama Medical University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K07375/
• 关键词: SARS-CoV-2; 混合感染; レジストーム解析; COVID-19; 重症化; ゲノム解析; ナノポア・シーケンス; 網羅的検査; 微生物叢

2021年度には、1)ウイルスの網羅的解析手法を構築し、2)新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の重症化の因子にウイルスの共感染の関与を検証したが、残念ながらその関連性について証明することはできなかった。2021年から22年度にかけて、COVID-19の「中等症」ならびに「重症」患者から取得した鼻咽頭拭い液を使用し、病原体ゲノムを網羅的に解析することで、共感染する病原体の病態への関与を検証した。さらに、ゲノム解析のパイプラインを構築し、当院における重症COVID-19患者の混合感染に対するモニタリング体制をあわせて構築した。この検討において、凍結保存していたCOVID-19患者検体(9,641検体)のうち、最終的に中等症もしくは重症COVID-19と診断された患者の初回採取検体42検体を対象として解析した結果、当院で診療した中等症・重症患者の検体から、SARS-CoV-2以外のウイルスの共感染を検出することはできず、重症化因子になりうるとする仮説を支持することはできなかった。2022年度には、前年に確立した検体前処理方法ならびに解析パイプラインを活用し、過去に繰り返し感染症を発症し、抗菌薬治療を受けた既往を持つ患者、もしくは人工呼吸器による呼吸管理のほか、経管栄養による栄養摂取が生存に必要な患者群におけるantibiotic resistomeおよび口腔内細菌叢に関する解析を開始した。呼吸器感染症を発症していない患者群をコントロールとし、次世代シーケンサー(NGS)による病原体のメタゲノム解析およびレジストーム解析を開始した。現在、更なる症例数確保のため、患者登録と検体の採取・保管を継続している。実用化を目指すことから、より簡易的かつ迅速な網羅的解析を実現するべく、NGSを用いた解析とあわせて、MinIONを用いた解析の有用性について実証を重ねている。

In 2021, 1) the analysis method of its network is constructed, 2) the correlation and detection of co-infection of new type of COVID-19 infection is proved, and the correlation of residual disease is proved. From 2021 to 2022, patients with COVID-19 "moderate" and "severe" diseases will receive nasopharyngeal swab fluid, analyze the pathogens, and identify the pathogens associated with co-infection. In addition, we need to analyze and construct a system for dealing with mixed infections in patients with severe COVID-19 in hospitals. COVID-19 patient samples (9,641 samples) were examined and frozen, and the final diagnosis was moderate to severe COVID-19. The initial sample 42 samples were examined and analyzed. The results of the analysis were moderate to severe COVID-19 patients and co-infections other than SARS-CoV-2. The severity of the disease is due to the fact that In 2022, the pre-treatment method of the body was established and the analysis of the use of antibiotics, the development of infectious diseases in the past, the treatment of antibiotics, the treatment of patients in the past, the treatment of respiratory management in artificial respirators, the analysis of antibiotic resistance and the analysis of bacteria in the oral cavity necessary for survival of the patient group was started. Respiratory infections in the first patient group, the next generation of patients (NGS), the pathogen analysis of the first generation of patients began Now, the number of cases to ensure that the patient registration and body to take care of the matter. The analysis of NGS, MinION, and the usefulness of NGS are discussed in detail below.