RNA methylation of T-UCRs regulates colon cancer progression

T-UCRs RNA 甲基化调节结肠癌进展

基本信息

批准号：
21K08007
负责人：
桑野由紀
金额：
$ 2.66万
依托单位：
The University of Tokushima
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

ヒトからマウスのゲノムにおいて200-bp以上連続して100%保存された、超保存領域（ultraconserved region: UCR）の生理機能は未だ明らかになっていない。これまでにUCRより転写されるRNA群 (Transcribed-UCRs: T-UCRs)の一部は、がん悪性化を引き起こす“oncogenic RNA”であることを見出している。本研究課題では、スプライシング調節因子をコードするTRA2B遺伝子より転写されるT-UCR：uc.138が大腸がん細胞の核に蓄積するメカニズムを明らかにするため、RNAのメチル化（Methyl-6-adenosine（m6A））修飾とRNAの細胞内ダイナミクスの調節の解明に焦点を当てた。2022年度は計画通りに、① 大腸がん細胞におけるメチル化RNAの次世代シークエンスによる網羅的解析（MeRIP-seq）、② oncogenic RNA uc.138のメチル化配列の特定と結合タンパク質の同定、が完了した。さらに、③ Mettl3の特異的阻害剤（STM_2457）を使用したm6A阻害によるがんのフェノタイプへの影響、を確認した。新規に確立した実験手法では、共焦点レーザー顕微鏡を使って蛍光免疫染色したm6A RNAの検出方法を樹立し、細胞内での局在が詳細に検討できるようになった。以上より、大腸がんで亢進するメチル化RNAの同定と、細胞内ダイナミクスの変動を捉える目的の一端が期間内に明らかにできた。今後は、現在進行中であるヒトiPS細胞より形成した腸管オルガノイドを用いて、未分化・分化段階におけるRNAメチル化ステータスの検討等を行い、RNAメチル化の大腸がんにおける臨床医学的意義の解明を目指す。

在人到小鼠基因组中连续至少100 bp保守的超保守区域（UCR）的生理学尚待阐明。迄今为止，已发现UCR转录的一些RNA（转录 - UCR）是导致癌症恶性肿瘤的“致癌RNA”。在这项研究中，我们集中于阐明由Tra2b基因转录的T-UCR：UC.138（编码剪接调节剂）在结肠癌细胞的细胞核中积累的机制，我们集中于阐明RNA甲基化（甲基-6-腺苷（甲基-6-腺苷）的修饰（MM6AA））和纳入量。在2022财年中，按计划，1）使用下一代测序（Merip-Seq）对结肠癌细胞中的甲基化RNA进行了全面分析，2）鉴定致癌RNA UC.138的甲基化序列和结合蛋白的鉴定。此外，使用METTL3的特定抑制剂（STM_2457），M6A抑制对癌症表型的影响。在新建立的实验方法中，建立了一种用于检测使用共聚焦激光显微镜荧光免疫染色的M6A RNA的方法，从而可以详细检查细胞内的定位。从上面的角度来看，很明显，鉴定结肠癌中增强的甲基化RNA以及在此期间捕获细胞内动力学的变化的目的。将来，我们将使用目前正在进行的人IPS细胞形成的肠道类器官来检查未分化和分化阶段中RNA甲基化的状态，并旨在阐明结肠癌中RNA甲基化的临床意义。