权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

レトロトランスポゾンLine1遺伝子群の骨格系分化過程における機能に関する研究

逆转录转座子Line1基因在骨骼分化过程中的功能研究

基本信息

批准号：
21K09823
负责人：
二藤彰
金额：
$ 2.75万
依托单位：
Tsurumi University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K09823/
关键词：
分化 Line1 レトロトランスポゾン軟骨細胞間葉系細胞骨格原基発生

项目摘要

これまで結果から、間葉系細胞分化でLine 1 を含む転写物が特徴的な発現変動を示す可能性が示された。本年度は解析をゲノムワイドに広げ分化にともなって変化するLine転写産物を測定する方法論の至適化に挑み、まず公共データベースに報告され登録済みのNGSデータの再解析を試みた。Line転写産物はいわゆるリピート配列を含むため、一般的にはRNAseq解析のパイプラインでのマッピングの際に、多数のゲノム領域にマップされるものはfalseとして処理され削除されてしまう。それを解決するため、主としてexpectation maximization algorithm という方法でLine１を含むリピート配列にマッピングした上で転写を定量的に解析するためのアプローチがいくつか報告されている。そのうちの1つ、L1EM (Bioinformatics, 2020 )では、Line１配列にマッピングされたRNA 転写物を定量的に解析するアプローチである。L1EM はpython で書かれているため、githubからsource code を得て、public data base(NCBI)の生データから仮想Linux（Ubuntu）上で再解析を行った。実際、ES iPS細胞から骨芽細胞へ分化誘導を試みた報告（Biomaterials 2019）のSRRdataの再解析を行い、発現変動するLine１配列を多数得ている。また別のアプローチである、Software for Quanti- fying Interspersed Repeat Expression (SQuIRE) (Nucleic Acids Research, 2019 )についてもTransposable elements の解析法として有効であることが示されており、そのパイプラインの実行性を検証している。

The results showed that the differentiation of mesenchymal cells in Line 1 was possible due to the presence of the characteristics of the cells. This year, we will try to analyze the NGS data of the registration system according to the methodology of the registration system. Line writing products include the following: general RNAseq analysis, false RNAseq analysis, deletion of RNAseq analysis, deletion, deletion of RNAseq analysis, deletion, deletion To solve this problem, the main expectation maximization algorithm and the method of Line1 include the following: L1EM (Bioinformatics, 2020 ) is a quantitative analysis of RNA transcripts. L1EM python In fact, most of the SRR data in the ES iPS cell differentiation and differentiation test report (Biomaterials 2019) were analyzed and displayed. Software for Quanti-Fying Interspersed Repeat Expression (SQuIRE) (Nucleic Acids Research, 2019 ).