レトロトランスポゾンLine1遺伝子群の骨格系分化過程における機能に関する研究

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これまで結果から、間葉系細胞分化でLine 1 を含む転写物が特徴的な発現変動を示す可能性が示された。本年度は解析をゲノムワイドに広げ分化にともなって変化するLine転写産物を測定する方法論の至適化に挑み、まず公共データベースに報告され登録済みのNGSデータの再解析を試みた。Line転写産物はいわゆるリピート配列を含むため、一般的にはRNAseq解析のパイプラインでのマッピングの際に、多数のゲノム領域にマップされるものはfalseとして処理され削除されてしまう。それを解決するため、主としてexpectation maximization algorithm という方法でLine１を含むリピート配列にマッピングした上で転写を定量的に解析するためのアプローチがいくつか報告されている。そのうちの1つ、L1EM (Bioinformatics, 2020 )では、Line１配列にマッピングされたRNA 転写物を定量的に解析するアプローチである。L1EM はpython で書かれているため、githubからsource code を得て、public data base(NCBI)の生データから仮想Linux（Ubuntu）上で再解析を行った。実際、ES iPS細胞から骨芽細胞へ分化誘導を試みた報告（Biomaterials 2019）のSRRdataの再解析を行い、発現変動するLine１配列を多数得ている。また別のアプローチである、Software for Quanti- fying Interspersed Repeat Expression (SQuIRE) (Nucleic Acids Research, 2019 )についてもTransposable elements の解析法として有効であることが示されており、そのパイプラインの実行性を検証している。