マルチオミクス機械学習による制御性T細胞の可塑性と不均一性の解明

利用多组学机器学习阐明调节性 T 细胞的可塑性和异质性

• 批准号: 20K09810
• 负责人: 猪俣 武範
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Juntendo University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20K09810/
• 关键词: マルチオミクス解析; 免疫寛容; 制御性T細胞; 角膜移植; 眼免疫; 可塑性; 不均一性; RNAseq; 機械学習; マルチオミクス

角膜移植は世界で年間60,000件以上行われる最も多い臓器移植であるが、感染症や再移植などで血管新生や炎症が惹起された高リスク角膜に対する移植では40-90%の拒絶反応を伴う。制御性T細胞の挙動が拒絶反応克服の手がかりであるが、炎症などの外部環境の変化により転写因子であるFoxp3が発現を失って免疫抑制能が低下する現象「制御性T細胞の可塑性」に申請者は注目した。ただし、制御性T細胞の不均一な特性がその有効活用を阻んでいる。そこで本研究は、実験的に血管新生と炎症細胞を誘導した高リスク角膜移植系を用い、そこで出現する制御性T細胞に対してマルチオミクス解析と機械学習との新しい連携により制御性T細胞の可塑性・不均一性に関わる分子プロファイルの挙動全貌の解明に挑む。この成果により、制御性T細胞の免疫抑制能を低下することなく、移植臓器へ安定的に誘導する免疫誘導経路の確立を目指す。該当年度は、シングルセルRNAシークエンスのT細胞の含まれるクラスターにおける発現変動遺伝子のパスウェイ解析を実施した。IL-2やTGF-βに関する遺伝子パスウェイの関連が明らかになった。また、角膜移植後の角膜移植片を採取し、RNAシークエンスを実施した。高リスク角膜移植では、409遺伝子の増加と150遺伝子の発現の減少が明らかになった。

Corneal transplantation は world で years more than 60000 line わ れ る も い more most viscera transplantation で あ る が, adapting just-in-time inventory や retransplantation な ど で angiogenesis や inflammation が provoked さ れ た high リ ス ク corneal に す seaborne る transplantation で は 40-90% の refused to reverse 応 を う. T cell suppression sex の 挙 dynamic が refused to reverse 応 overcome の hand が か り で あ る が, inflammation な ど の external environment の variations change に よ り planning write factor で あ る Foxp3 が 発 を now lost っ て immunosuppression can lower が す る phenomenon "suppression of T cell の plasticity" は に applicants out し た. Youdaoplaceholder0 ただ and control the <s:1> non-homogeneity な property of sexual T cells がそ <s:1> effectively utilize を to prevent んで る る る. そ こ で は, this study be を 験 に angiogenesis と inflammation cells induced し た high リ ス ク corneal transplantation department を い, そ こ appear で す る system royal sex t-cell に し seaborne て マ ル チ オ ミ ク ス parsing と rote learning と の new し い に link-up よ り system royal resistance T cells の plasticity, heterogeneity に masato わ る molecular プ ロ フ ァ イ ル の 挙 dynamic whole の interpret に pick む. こ の results に よ り, suppression can T cells の immunosuppression を low す る こ と な く, induced graft viscera へ stable に す る immune induction 経 road の establish を refers す. Should annual は, シ ン グ ル セ ル RNA シ ー ク エ ン ス の の T cells contain ま れ る ク ラ ス タ ー に お け る 発 now - move legacy 伝 son の パ ス ウ ェ イ parsing を be applied し た. IL-2やTGF-βに is related to する 伝 seed パスウェ パスウェ <s:1> <s:1> が related to が protein ら になった になった になった. Youdaoplaceholder0, after corneal transplantation, the corneal graft を is taken, and the RNAシ シ <s:1> <s:1> エ <s:1> スを スを is applied to た. High リス corneal transplantation で で, 409 伝 seed <s:1> increase と150 seed 伝 seed <e:1> occurrence <e:1> decrease が bright ら になった になった.

项目成果

Ex Vivo-Induced Bone Marrow-Derived Myeloid Suppressor Cells Prevent Corneal Allograft Rejection in Mice.

• DOI: 10.1167/iovs.62.7.3
• 发表时间: 2021-06-01
• 期刊: Investigative ophthalmology & visual science
• 影响因子: 4.4
• 作者: Zhu J;Inomata T;Fujimoto K;Uchida K;Fujio K;Nagino K;Miura M;Negishi N;Okumura Y;Akasaki Y;Hirosawa K;Kuwahara M;Eguchi A;Shokirova H;Yanagawa A;Midorikawa-Inomata A;Murakami A
• 通讯作者: Murakami A

Multi-Omics Profiling for the Plasticity and Heterogeneity of Regulatory T Cells in corneal transplantation

角膜移植中调节性 T 细胞的可塑性和异质性的多组学分析

• 发表时间: 2021
• 作者: Shunji Kusaka;Inomata T
• 通讯作者: Inomata T

Anti-CD80/86 antibodies suppress inflammatory reaction and improve grafts survival in a high-risk murine corneal transplantation model

抗 CD80/86 抗体抑制高危小鼠角膜移植模型中的炎症反应并提高移植物存活率

• 发表时间: 2021
• 作者: Akasaki Y;Inomata T;Zhu J;Nakamura M;Fujimoto K;Fujio K;Yanagawa A;Uchida K;Sung J;Negishi N;Nagano K;Okumura Y;Miura M;Shokirova H;Kuwahara M;Hirosawa K;Midorikawa-Inomata A;Eguchi A;Huang T;Yagita H;Habu S;Okumura K;Murakami A
• 通讯作者: Murakami A

Immunotherapeutic effects of ripasudil on corneal allograft survival

里帕舒地尔对同种异体角膜移植物存活的免疫治疗作用

• 发表时间: 2021
• 作者: Nagai N;Mushiga Y;Ozawa Y.;丸山和一;Inomata T
• 通讯作者: Inomata T

Inhibitory effect of kappa opioid receptor agonist on corneal neovascularization

kappa阿片受体激动剂对角膜新生血管的抑制作用

• 发表时间: 2021
• 作者: ショキロワ フラムホン;猪俣 武範;長瀬 博;斉藤 毅;藤尾 謙太;奥村 雄一;村上 晶
• 通讯作者: 村上 晶