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The history of mononegavirus infections hidden in the eukaryotic genomes

隐藏在真核基因组中的单负病毒感染史

基本信息

批准号：
21H01199
负责人：
堀江真行
金额：
$ 10.98万
依托单位：
Osaka Metropolitan University (2022-2023)Osaka Prefecture University (2021)
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2026-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

昨年度、TFASTXおよびTFASTY（TFASTX/Y）による配列類似性検索は、従来のtBLASTn検索よりも高感度にウイルス様配列を検出できることが示唆された。今年度はまず、TFASTXおよびTFASTYを用い、ボルナウイルスおよびフィロウイルス様の内在性ウイルス様エレメント（EVE）の検出を試みた。昨年度の予備的探索の結果と一致して、TFASTX/Yによる検索ではtBLASTnよりも多くの配列ヒットが得られた。しかし、TFASTX/Yでのみヒットした配列について詳細な解析を行ったところ、多くは単純な繰り返し配列であり、EVEではない可能性が示唆された。このためTFASTX/Yによる検索は中断し、次年度にはtBLASTnによる大規模検索を新たに行うこととした。次に、配列類似性検索のみに依存しない新たなEVE検出法の開発を試みた。ボルナウイルスゲノムはN、X、P、M、G、Lの6つの遺伝子を持つ。ボルナウイルス由来EVE（EBL配列）は脊椎動物ゲノムに大量に存在し、N、M、GおよびL遺伝子に由来するEBL配列は比較的多く検出されるのに対し、XおよびP遺伝子に由来するEBL配列はほとんど検出されていない。我々は、このEBL配列の由来となる遺伝子の検出数の偏りが進化速度の違い、つまりXおよびP遺伝子は他の遺伝子に比べて進化速度が速いため、通常の配列の類似性に基づく検索では検出することが困難であると考えた。そこでボルナウイルスのN/X/Pの3つの遺伝子をコードする特殊な転写産物である1.9 kbのmRNAに着目した解析を行った。その結果、配列類似性検索では検出できないものの、ボルナウイルスの1.9 kb mRNAに由来するEBL配列が存在することを裏付ける一連の証拠を得た。本研究は、これまでの配列類似性のみに基づくEVE探索に新たな視点を提供するとともに、他のウイルスに由来するEVE配列の検出にも応用可能と考えられ、今後のEVE研究の発展に大きく寄与すると期待される。

Last year, TFASTX ordered TFASTY (TFASTX/Y) to match the similarity index, tBLASTn request, high sensitivity, and so on. For the current year, TFASTX is responsible for the use of TFASTY. This year, you need to know that you are going to have an internal sex problem. This year, you will have to use the EVE to test your performance. The results of last year's explorations were consistent, and the results of the TFASTX/Y survey were consistent with the results of the previous year, and the results were consistent with the results of yesterday's exploration. The results were consistent, and the results were consistent with the results of yesterday's exploration. The following is the list of data: TFASTX/, EVE, possibility, possibility, and so on. In the following year, the TFASTX/Y will be interrupted, the next year will be tBLASTn, and the new line will be interrupted. Secondary, configuration, similarity, dependence, dependence, new EVE export method to start a trial. Please tell me that N, X, P, M, G, L