単細胞生物の複雑性:有孔虫サブシングルセル遺伝子発現と超微細構造解析で迫る

单细胞生物的复杂性:有孔虫亚单细胞基因表达和超微结构分析

基本信息

项目摘要

相模湾深海底の水深700-1500mの範囲で採取、固定したRNA解析用有孔虫4種、およびX線CT、透過型電子顕微鏡(TEM)観察用有孔虫11種の深海性有孔虫個体を用いた解析を行った。RNAseq解析については、相模湾を含めた複数の深海域で追加の試料採取、固定を行い、解析に用いた。X線CT観察では、グルタール固定した底生有孔虫をオスミウムで導電染色し、X線吸収率を高めたうえでレジン樹脂に包埋し、Zeiss Xradia Versa410を用いてX線CT観察を行った。X線CT観察では判別できない、オスミウム導電染色されにくい構造や、数マイクロメートル以下のサイズの細胞小器官(ミトコンドリア、ペルオキシソーム、小胞体など多くの構造が該当)については、TEM観察を行うことで、房室ごとの細胞小器官分布パターンについて観察した。これらをもとに初室から最終房室までの細胞小器官の分布を解明した結果、有孔虫の種類により、その細胞小器官の分布に違いがあることを明らかにした。特に、最終房室側2-3房室で環境とのやり取りをしていることが示唆された。さらに、細胞小器官の分布の違いから推測される房室ごとの機能の違いを、微量遺伝子発現解析および付随する遺伝子発現情報解析により明らかにするための、手法確認をおこなった。まずは大型の有孔虫であるXenophyophore(ゼノフィオフォア)を用いた遺伝子発現解析を行い、有孔虫においてもその手法が有効であることを確認した。
Phase mode bay deep seabed の depth 700-1500 - m の van 囲 で take, fixed し た RNA parsing with four, foraminifera お よ び X-ray computed tomography (CT), through type electronic 顕 micro mirror (TEM) 観 examine with 11 kinds of foraminifera の deep-sea foraminiferal individual を with い た parsing line を っ た. RNAseq analysis: に, に て, て, た, in the deep sea area of Sagami bay containing めた multiple <s:1>, additional <s:1> sample collection, fixed を rows, に, and analysis: に た た. X-ray CT 観 examine で は, グ ル タ ー ル fixed し た bottom, foraminifera を オ ス ミ ウ ム で conductive dyeing し, X-ray を 収 absorption rate high め た う え で レ ジ に ン resin embedding し, Zeiss Xradia Versa410 を with い CT line 観 examine を っ て X-ray た. X-ray CT 観 examine で は discriminant で き な い, オ ス ミ ウ ム conductive dyeing さ れ に く い tectonic や, several マ イ ク ロ メ ー ト ル following の サ イ ズ の small organ cells (ミ ト コ ン ド リ ア, ペ ル オ キ シ ソ ー ム, small cell body な ど more く の tectonic が should) に つ い て は line, TEM 観 examine を う こ と で, atrioventricular ご と の cells small organ distribution パ タ ー ン Youdaoplaceholder0 に て観 て観 て観 observe た. Early こ れ ら を も と に chamber か ら eventually atrioventricular ま で の cells small organ の distribution を interpret し た results, foraminifera の kinds に よ り, そ の cells small organ の distribution に violations い が あ る こ と を Ming ら か に し た. に, eventually, atrioventricular side 2-3 atrioventricular で environment と の や り take り を し て い る こ と が in stopping さ れ た. さ ら に の distribution, small cell organs の violations い か ら speculation さ れ る atrioventricular ご と の function の violations い を, trace heritage 伝 son 発 now parse お よ び pay with す る posthumous son 伝 発 now intelligence parsing に よ り Ming ら か に す る た め の, confirm を お こ な っ た. ま ず は large の foraminifera で あ る Xenophyophore (ゼ ノ フ ィ オ フ ォ ア) を with い た heritage 伝 発 now line analytical を い, foraminifera に お い て も そ の gimmick が have sharper で あ る こ と を confirm し た.

项目成果

期刊论文数量(10)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Microplastic particles are phagocytosed in gill cells of deep-sea and coastal mussels
  • DOI:
    10.3389/fmars.2022.1034950
  • 发表时间:
    2022-10
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    T. Ikuta;Akihiro Tame;Tomoko Takahashi;H. Nomaki;R. Nakajima
  • 通讯作者:
    T. Ikuta;Akihiro Tame;Tomoko Takahashi;H. Nomaki;R. Nakajima
Deep-sea bottom-water environment change caused by sediment resuspension on the continental slope off Sanriku, Japan, before and after the 2011 Tohoku Earthquake
2011年东北地震前后日本三陆大陆坡沉积物再悬浮引起的深海底水环境变化
  • DOI:
    10.1186/s40645-022-00515-1
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    3.9
  • 作者:
    Wakita Masahide;Watanabe Shuichi;Yoshino Jun;Oguri Kazumasa;Nomaki Hidetaka;Kawagucci Shinsuke;Ariyoshi Keisuke;Nagano Akira;Fujikura Katsunori
  • 通讯作者:
    Fujikura Katsunori
ウッズホール海洋学研究所(米国)
伍兹霍尔海洋研究所(美国)
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Foraminifera and plastic pollution: Knowledge gaps and research opportunities
有孔虫和塑料污染:知识差距和研究机会
  • DOI:
    10.1016/j.envpol.2023.121365
  • 发表时间:
    2023
  • 期刊:
  • 影响因子:
    8.9
  • 作者:
    Bouchet Vincent M.P.;Seuront Laurent;Tsujimoto Akira;Richirt Julien;Frontalini Fabrizio;Tsuchiya Masashi;Matsuba Misako;Nomaki Hidetaka
  • 通讯作者:
    Nomaki Hidetaka
ハンブルグ大学(ドイツ)
汉堡大学(德国)
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
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深海生態系における底生有孔虫の役割:炭素・窒素安定同位体比による食物網解析
底栖有孔虫在深海生态系统中的作用:使用碳和氮稳定同位素比进行食物网分析
  • DOI:
  • 发表时间:
    2007
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    M.Tanisho;et al.;野牧 秀隆;K.Ueda;豊福 高志;小栗 一将;野牧 秀隆
  • 通讯作者:
    野牧 秀隆
深海表層堆積物中の窒素代謝を担う微生物の鉛直分布と窒素循環への寄与の評価
评估深海表层沉积物中负责氮代谢的微生物的垂直分布及其对氮循环的贡献
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    小林 香苗;眞壁 明子;中島 悠;平岡 聡史;宮崎 征行;津田 美和子;澄田 智美;野牧 秀隆;布浦 拓郎;川口 慎介
  • 通讯作者:
    川口 慎介
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各种深海环境中化学合成初级生产的原位测量及其在生态系统中的作用
  • DOI:
  • 发表时间:
    2013
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Duan;Y.;J.Gong;M.Charron;J.Chen;G.Deng;G.DiMego;J.Du;M.Hara;M.Kunii;X.Li;Y.Li;K.Saito;H.Seko;Y.Wang;C.Wittmann;磯辺篤彦;野牧 秀隆
  • 通讯作者:
    野牧 秀隆
リソソーム・エキソサイトーシスによるパウチマンノース含有糖タンパク質の細胞表面露出機構
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  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    小林 香苗;眞壁 明子;中島 悠;平岡 聡史;宮崎 征行;津田 美和子;澄田 智美;野牧 秀隆;布浦 拓郎;川口 慎介;藤田盛久
  • 通讯作者:
    藤田盛久
Formation of sheet convection and helical current coils in geodynamo simulation with low Ekman number
低埃克曼数地球发电机模拟中片状对流和螺旋电流线圈的形成
  • DOI:
  • 发表时间:
    2009
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    並木則行;杉田精司;石原吉明;野田寛大;佐々木晶;岩田隆浩;花田英夫;荒木博士;黒澤耕介;松村瑞秀;横山聖典;鎌田俊一;久保公央;森朝子;佐藤麻里;野牧 秀隆;宮腰剛広
  • 通讯作者:
    宮腰剛広

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  • 通讯作者:
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