単細胞生物の複雑性：有孔虫サブシングルセル遺伝子発現と超微細構造解析で迫る

单细胞生物的复杂性：有孔虫亚单细胞基因表达和超微结构分析

• 批准号: 21H01202
• 负责人: 野牧 秀隆
• 金额: $ 9.07万
• 依托单位: Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21H01202/
• 关键词: シングルセルゲノミクス; 単細胞真核生物; 細胞構造; 細胞内機能分化; 細胞小器官; 遺伝子発現解析

相模湾深海底の水深700-1500mの範囲で採取、固定したRNA解析用有孔虫4種、およびX線CT、透過型電子顕微鏡（TEM）観察用有孔虫11種の深海性有孔虫個体を用いた解析を行った。RNAseq解析については、相模湾を含めた複数の深海域で追加の試料採取、固定を行い、解析に用いた。X線CT観察では、グルタール固定した底生有孔虫をオスミウムで導電染色し、X線吸収率を高めたうえでレジン樹脂に包埋し、Zeiss Xradia Versa410を用いてX線CT観察を行った。X線CT観察では判別できない、オスミウム導電染色されにくい構造や、数マイクロメートル以下のサイズの細胞小器官（ミトコンドリア、ペルオキシソーム、小胞体など多くの構造が該当）については、TEM観察を行うことで、房室ごとの細胞小器官分布パターンについて観察した。これらをもとに初室から最終房室までの細胞小器官の分布を解明した結果、有孔虫の種類により、その細胞小器官の分布に違いがあることを明らかにした。特に、最終房室側2－3房室で環境とのやり取りをしていることが示唆された。さらに、細胞小器官の分布の違いから推測される房室ごとの機能の違いを、微量遺伝子発現解析および付随する遺伝子発現情報解析により明らかにするための、手法確認をおこなった。まずは大型の有孔虫であるXenophyophore（ゼノフィオフォア）を用いた遺伝子発現解析を行い、有孔虫においてもその手法が有効であることを確認した。

Phase mode bay deep seabed の depth 700-1500 - m の van 囲 で take, fixed し た RNA parsing with four, foraminifera お よ び X-ray computed tomography (CT), through type electronic 顕 micro mirror (TEM) 観 examine with 11 kinds of foraminifera の deep-sea foraminiferal individual を with い た parsing line を っ た. RNAseq analysis: に, に て, て, た, in the deep sea area of Sagami bay containing めた multiple <s:1>, additional <s:1> sample collection, fixed を rows, に, and analysis: に た た. X-ray CT 観 examine で は, グ ル タ ー ル fixed し た bottom, foraminifera を オ ス ミ ウ ム で conductive dyeing し, X-ray を 収 absorption rate high め た う え で レ ジ に ン resin embedding し, Zeiss Xradia Versa410 を with い CT line 観 examine を っ て X-ray た. X-ray CT 観 examine で は discriminant で き な い, オ ス ミ ウ ム conductive dyeing さ れ に く い tectonic や, several マ イ ク ロ メ ー ト ル following の サ イ ズ の small organ cells (ミ ト コ ン ド リ ア, ペ ル オ キ シ ソ ー ム, small cell body な ど more く の tectonic が should) に つ い て は line, TEM 観 examine を う こ と で, atrioventricular ご と の cells small organ distribution パ タ ー ン Youdaoplaceholder0 に て観 て観 て観 observe た. Early こ れ ら を も と に chamber か ら eventually atrioventricular ま で の cells small organ の distribution を interpret し た results, foraminifera の kinds に よ り, そ の cells small organ の distribution に violations い が あ る こ と を Ming ら か に し た. に, eventually, atrioventricular side 2-3 atrioventricular で environment と の や り take り を し て い る こ と が in stopping さ れ た. さ ら に の distribution, small cell organs の violations い か ら speculation さ れ る atrioventricular ご と の function の violations い を, trace heritage 伝 son 発 now parse お よ び pay with す る posthumous son 伝 発 now intelligence parsing に よ り Ming ら か に す る た め の, confirm を お こ な っ た. ま ず は large の foraminifera で あ る Xenophyophore (ゼ ノ フ ィ オ フ ォ ア) を with い た heritage 伝 発 now line analytical を い, foraminifera に お い て も そ の gimmick が have sharper で あ る こ と を confirm し た.

项目成果

Microplastic particles are phagocytosed in gill cells of deep-sea and coastal mussels

• DOI: 10.3389/fmars.2022.1034950
• 发表时间: 2022-10
• 作者: T. Ikuta;Akihiro Tame;Tomoko Takahashi;H. Nomaki;R. Nakajima

Deep-sea bottom-water environment change caused by sediment resuspension on the continental slope off Sanriku, Japan, before and after the 2011 Tohoku Earthquake

2011年东北地震前后日本三陆大陆坡沉积物再悬浮引起的深海底水环境变化

• DOI: 10.1186/s40645-022-00515-1
• 发表时间: 2022
• 期刊: Progress in Earth and Planetary Science
• 影响因子: 3.9
• 作者: Wakita Masahide;Watanabe Shuichi;Yoshino Jun;Oguri Kazumasa;Nomaki Hidetaka;Kawagucci Shinsuke;Ariyoshi Keisuke;Nagano Akira;Fujikura Katsunori
• 通讯作者: Fujikura Katsunori

ウッズホール海洋学研究所(米国)

伍兹霍尔海洋研究所（美国）

Foraminifera and plastic pollution: Knowledge gaps and research opportunities

有孔虫和塑料污染：知识差距和研究机会

• DOI: 10.1016/j.envpol.2023.121365
• 发表时间: 2023
• 期刊: Environmental Pollution
• 影响因子: 8.9
• 作者: Bouchet Vincent M.P.;Seuront Laurent;Tsujimoto Akira;Richirt Julien;Frontalini Fabrizio;Tsuchiya Masashi;Matsuba Misako;Nomaki Hidetaka
• 通讯作者: Nomaki Hidetaka

ハンブルグ大学(ドイツ)

汉堡大学（德国）