Coding/Non-coding RNAの網羅的かつ精密な分類と性質の解析

全面精准的编码/非编码RNA分类及性质分析

• 批准号: 21H02404
• 负责人: 松本 有樹修
• 金额: $ 11.15万
• 依托单位: Kyushu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21H02404/
• 关键词: Long non-coding RNA; Coding RNA; 翻訳プロファイリング; 機械学習

Long non-coding RNA（lncRNA）の定義は「タンパク質をコードしない200塩基以上のRNA」とされているが、われわれはこれまでに、一部のlncRNAがポリペプチドを翻訳することを明らかにしてきた。この発見は、これはどのようなRNAが翻訳され、どのようなRNAが翻訳されないのかということを規定する原理が不明であるために、coding RNAをnon-coding RNAと誤分類していたということを意味する。既存のRibo-seqはlncRNAが翻訳されているかの検討に有用な手法ではあるが、ノイズによる偽陽性（non-coding RNAをcoding RNAと誤同定する）が問題であった。そこでわれわれは、翻訳プロファイリング法を用いてRibo-seqの偽陽性を劇的に減少させる手法を開発した。この手法を用いることにより、Ribo-seqの偽陽性を大幅に減少させ、正確なcoding/non-coding RNAの分類が可能となった。昨年度は、翻訳プロファイリングによりさまざまなRNAの性質を解析する過程において、5’capを持たないRNA群を同定した。cap構造を持たないため、当初は翻訳されていない可能性が予想されたが、予想に反してリボソームとの強い相互作用が観察された。一方で、翻訳開始因子との相互作用は観察されなかった。

Long non-coding RNA (lncRNA) definitionが、われわれはこれまでに、一一lncRNAがポリペプチドをturned訳することを明らかにしてきた.この発见は、これはどのようなRNAがturn訳され、どのようなRNAがturn訳されないのかということを Regulations するPrinciple がUnknown であるために、coding RNAをnon-coding RNAとmisclassificationしていたということをmeaningする. Existing Ribo-seq lncRNA translation techniques are useful techniques such as non-coding RNA and false positives (non-coding RNA coding). RNA (misidentification) is a problem. The そこでわれわれは, the translation of the プロファイリング法を uses the いてRibo-seq's false positive をdrama to reduce the させる technique を开発した. The technique is used, Ribo-seq can significantly reduce false positives, and it is possible to classify coding/non-coding RNA correctly. Yesterday's annual report, the translation of the ンプロファイリングによりさまざまなRNA's nature をanalysis する process において, 5'cap をhold たないRNA group を同定した. The structure of the cap is very simple, and I had no idea about the possibility at the beginning.されたが, 伊思にcounterしてリボソームとの强い INTERACTION が観看された. On the one hand, the starting factor of translation is the interaction of one side and the other.

项目成果

Hidden ORFの同定と機能解析 およびその発現制御機構の解明

隐藏ORF的鉴定、功能分析及其表达调控机制的阐明

• 发表时间: 2022
• 作者: Oka K;Fujioka S;Kawamura Y;Komohara Y;Chujo T;Sekiguchi K;Yamamura Y;Oiwa Y;Omamiuda-Ishikawa N;Komaki S;Sutoh Y;Sakurai S;Tomizawa K;Bono H;Shimizu A;Araki K;Yamamoto T;Yamada Y;Oshiumi H;Miura K.;Ogi T.;松本 有樹修
• 通讯作者: 松本 有樹修

Identification of unannotated coding sequences and their physiological functions

未注释编码序列的鉴定及其生理功能

• DOI: 10.1093/jb/mvac064
• 发表时间: 2022
• 期刊: The Journal of Biochemistry
• 作者: Ichihara Kazuya;Nakayama Keiichi I;Matsumoto Akinobu
• 通讯作者: Matsumoto Akinobu