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メタゲノミクスによる海綿における天然有機化合物生産機構の解明

利用宏基因组学阐明海绵中天然有机化合物的产生机制

基本信息

批准号：
20H03080
负责人：
末永光
金额：
$ 11.07万
依托单位：
National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

海洋生物である海綿からは、非常にユニークな構造からなる生理活性物質が単離されているが、その真の生産者は、共生する培養困難な微生物であることが知られている。本研究課題では、海綿に共生する培養困難な微生物が生産する医薬品候補化合物であるマンザミンを標的モデル化合物として、海洋動物に由来する生物活性物質の生産を担う微生物の同定、および生合成機構の解明を行う。海綿と微生物との共生関係を、生物活性化合物を鍵として紐解き、将来的に化合物の安定供給に繋げることを目指す。前年度までに、マンザミンを共通に生産する 2 種の海綿、Haliclona sp.ならびに、A. ingens を沖縄近海で採取し、採取サンプルを冷凍して輸送することなく現地（琉球大学）で処理することにより、共生微生物と分取と高分子・高品質のメタゲノムDNAを取得することに成功している。本年度は、 2 種の海綿より得られた共生微生物メタゲノム DNA を、次世代シーケンサーに供し、シーケンス解析を行った。この際にPacBioを用いたロングリード配列情報と、Novaseqを用いたショートリード配列情報の両方のシーケンス解析を行い、２種のシーケンスデータのハイブリッドアセンブリを行うことを試みた。まず、複数のアセンブリプログラムを試行し、最も結果が良かったプログラムを選択した。次に、本プログラムのアセンブリ条件について最適なパラメーター調整を行った。その結果、複雑なメタゲノム配列中からの高品質のコンティグの取得に成功した。

Marine organisms, such as the sea, the sea and the sea. In this study, bioactive compounds, bioactive compounds, bioactive substances, microorganisms, bioactive substances, bioactive substances, bio The symbiosis of microorganisms, the bioactive compounds, and the future compounds are supplied to the target animals. In the previous year, there were two kinds of seaweed and Haliclona sp. Ingens, A. ingens, offshore, cold, cold This year, two species of marine fish have obtained symbiotic microorganisms, such as DNA, the next generation of microbes, and the analysis of microbes. In this case, the PacBio system is used to configure the information system, the Novaseq system is used to configure the information system, and the Novaseq system is used to configure the information system. There are two kinds of information distribution system, such as the analysis line, and the two real-time data processing systems. The number of copies is different. The number of copies is different. The best result is that you select the correct one. In this article, you will find that the conditions are the most important. The result of the test, the copy of the results, the success of the copy, the success of the copy, the results, the results, the results