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遺伝子流動による染色体構造進化の促進

通过基因流促进染色体结构进化

基本信息

批准号：
20J01503
负责人：
山崎曜
金额：
$ 3.33万
依托单位：
National Institute of Genetics
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-24 至 2023-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本課題では「集団間の非適応的な遺伝子流動が組換え抑制の進化を促進する」という仮説の検証を，トゲウオ科魚類を対象にして進めている．研究では主に遺伝子流動のある欧米の淡水型と海型，遺伝子流動レベルが低い日本の淡水型と海型のそれぞれの間の適応関連ゲノム領域や組換え抑制領域の分布を比較することで仮説の検証を進めている．本年は3年計画の２年目であり，以下の結果を得た．第一に，これまでに国内と海外の複数の集団より得ていたロングリードシーケンスをデノボアッセンブルし，集団ごとの参照ゲノム配列を得た．それらを比較したところ，各地域の淡水型と海型の間で多数の逆位領域の存在が明らかとなった．生態型間で遺伝子流動を経験した集団では，経験していない集団と比較し逆位領域の遺伝的分化が有意に上昇しており，逆位が実際に遺伝子流動を制限していることが示された．また系統解析を行うことで，逆位領域の進化史が明らかとなった．これまで日本の淡水型は欧米で見られる逆位領域を保持していないと予想していたが，一部の集団で欧米と同祖な逆位を保持していることが分かった．現在，逆位以外にも転座や転位も含め，ゲノムの構造変異が遺伝子流動とどのような関係にあるのかをさらに追究している．第二に，淡水適応に関与した形質変異の候補遺伝子についてゲノム編集実験を行い，実際にその遺伝子が形質の発生に重要である証拠を得た．第三に，ゲノムアセンブルの質の向上とTopologically Associating Domainの同定を目的としたHi-C解析を行った．データは取得済みであり，現在解析を進めている．

This paper aims at "promoting the evolution of non-adaptive genetic migration between groups, inhibiting the formation of genetic migration," and exploring the mechanism of genetic migration between groups. This paper studies the relationship between the main carrier flow and the freshwater and marine carrier flow, and compares the distribution of the domain and the inhibition domain between the main carrier flow and the freshwater and marine carrier flow. This year's 3-year plan for the 2-year project, the following results were obtained. The first is that the domestic and overseas groups have been selected for the first time. For comparison, it is clear that most of the inverse fields exist between the freshwater type and the sea type in various regions. The genetic diversity of inter-species genetic diversity is intentionally increased due to the diversity of inter-species genetic diversity, and the diversity of inter-species genetic diversity is restricted due to the diversity of inter-species genetic diversity. The evolution history of inverse domain is clear. The Japanese fresh water type is opposite to the European rice, and the field is opposite to the European rice, and the group is opposite to the European rice. Now, in addition to the inverse position, the structure of the inverse position contains the structure of the inverse position, and the structure of the inverse position contains the structure of the inverse position. Second, fresh water is suitable for the quality of different candidate genes, and the quality of different candidate genes is important for the development of fresh water. Third, the quality of the domain is up and Topologically Associating Domain is up and Hi-C analysis is down.データは取得済みであり，现在解析を进めている.

项目成果

期刊论文数量（15）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

シマヒレヨシノボリ種群における遺伝的・形態的分化と遺伝子流動

Shimafin Yoshinobori物种组的遗传和形态分化以及基因流

DOI：
发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
0
作者：
Tsujimoto M;Suzuki AC;Nakai R;Imura S.;田畑諒一・日比野友亮・福家悠介・西村俊明・渡辺勝敏・山﨑曜;国松翔太・田畑諒一・佐藤健介・山﨑曜・渡辺勝敏
通讯作者：
国松翔太・田畑諒一・佐藤健介・山﨑曜・渡辺勝敏

Multiple paths to the same destination: influence of gene flow on convergent evolution

通向同一目的地的多条路径：基因流对趋同进化的影响

DOI：
10.1111/mec.15896
发表时间：
2021
期刊：
Molecular Ecology
影响因子：
4.9
作者：
Yamasaki Yo Y.;Kitano Jun
通讯作者：
Kitano Jun

Gene flow and chromosome evolution in sticklebacks

刺鱼的基因流和染色体进化

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Yo Yamasaki;Atsushi Toyoda;Tomoyuki Kokita,Seiichi Mori;Jun Kitano
通讯作者：
Jun Kitano

琵琶湖産ヒガイ属における非カウンターシェーディングの進化

琵琶湖木槿属非反荫的进化

DOI：
发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
0
作者：
Fukura Koki;Tanaka Ayumi;Tanaka Ryouichi;Ito Hisashi;早崎佑亮・三品達平・柿岡諒・伊藤僚祐・山崎曜・小宮竹史・田畑諒一・渡辺勝敏・小北智之
通讯作者：
早崎佑亮・三品達平・柿岡諒・伊藤僚祐・山崎曜・小宮竹史・田畑諒一・渡辺勝敏・小北智之

Ecosystem size predicts the probability of speciation in migratory freshwater fish

生态系统规模预测淡水洄游鱼类物种形成的概率

DOI：
10.1111/mec.15415
发表时间：
2020
期刊：
Molecular Ecology
影响因子：
4.9
作者：
Yamasaki Yo Y.;Takeshima Hirohiko;Kano Yuichi;Oseko Naoharu;Suzuki Toshiyuki;Nishida Mutsumi;Watanabe Katsutoshi
通讯作者：
Watanabe Katsutoshi