幹細胞活性を持つCML微小残存病変の検出法開発と特性解明

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初発時の慢性骨髄性白血病（Chronic Myeloid Leukemia; CML）患者骨髄血から抽出したDNAに対して次世代シーケンサー（Next Generation Sequencing; NGS）で22番と9番染色体の転座ゲノム切断点であるBreak pointを塩基配列レベルで同定した。Break pointは患者ごとに全く異なり、患者特異性が極めて高い配列である。CML治療後の微小残存病変（Minimal Residual Disease; MRD）検出のために最終的にはNGSを用いたが、その値の定量を行うために、PCR（Polymerase ChainReaction）の中でも絶対定量が可能な手法であるデジタルPCR（dPCR）を用いた。MRDが患者のどの成分の中に含まれているものであるのかを細かく分画化して検索すべく、治療後の患者検体（骨髄血および末梢血）Flow cytometryにて細胞集団ごとにsortingして集め、DNA抽出した。初発時サンプルに対するNGS解析により、15例の患者のうち14例でBreak pointを塩基レベルで正確に同定できた。dPCRでは、RNSPを用いた解析によりすべての治療後フローサイトソーティングを行った微量サンプルにゲノムが含まれていることを確認できた。また、dPCRでは検出できなかったサンプルでも解析精度の向上が見られた。2回PCRを行うことでBCR/ABL1存在頻度の直接定量ができなかった点についても、検量線サンプルをNGS解析時に加えることで定量可能となった。上記の手法の確立を進めたのち、TKI治療中の7名の患者に関して骨髄血および末梢血それぞれを4分画に細分化した集団から抽出したDNAに対してNGSによるMRD解析、およびその定量化を行ったデータをまとめて論文化した。