Development of quantitative cell-phenotyping technology by integrating image-analysis, machine learning and single-cell omics

整合图像分析、机器学习和单细胞组学开发定量细胞表型技术

• 批准号: 18K19312
• 负责人: ABE KUNIYA
• 金额: $ 3.99万
• 依托单位: Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
• 财政年份: 2018
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2018-06-29 至 2022-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18K19312/
• 关键词: 画像処理・機械学習; １細胞遺伝子発現解析; iPS細胞; ゲノム再プログラム化; 画像処理; 機械学習; 細胞状態; 再プログラム化; シングルセル解析; 細胞表現型; ヒトiPS細胞; 定量解析; シングルセル; ヒトiPS

项目成果

Single cell transcriptome analyses reveal novel intermediate pluripotent states during transition from naive to primed pluripotent stem cells

单细胞转录组分析揭示了从初始多能干细胞向启动多能干细胞转变过程中新的中间多能状态

• 发表时间: 2019
• 作者: Tada Y;Bottcher M;Kondo M;Ura H;Carninci P;Carninci P;Abe K
• 通讯作者: Abe K

Human iPS cell-derived cartilaginous tissue spatially and functionally replaces nucleus pulposus

• DOI: 10.1016/j.biomaterials.2022.121491
• 发表时间: 2022-04-05
• 期刊: BIOMATERIALS
• 影响因子: 14
• 作者: Kamatani, Takashi;Hagizawa, Hiroki;Tsumaki, Noriyuki
• 通讯作者: Tsumaki, Noriyuki

シングルセルRNA-Seq解析によるナイーブ型からプライム型への多能性幹細胞の変換過程における転写動態の解明

通过单细胞 RNA-Seq 分析阐明多能干细胞从初始型向引发型转化过程中的转录动力学

• 发表时间: 2018
• 作者: 田夛祐喜;浦大樹;Michael Boettcher;鈴木伸之介;Piero Carninci;阿部訓也
• 通讯作者: 阿部訓也

High Resolution U-Net for Quantitatively Analyzing Early Spatial Patterning of Human Induced Pluripotent Stem Cells on Micropatterns

高分辨率 U-Net 用于定量分析微图案上人类诱导多能干细胞的早期空间图案

• DOI: 10.1109/embc46164.2021.9630956
• 发表时间: 2021
• 期刊: Annu Int Conf IEEE Eng Med Biol Soc. 2021
• 作者: Chu Slo-Li;Abe Kuniya;Yokota Hideo;Cho Dooseon;Chen Yuan-Hao;Tsai Ming-Dar
• 通讯作者: Tsai Ming-Dar

A simplified and efficient protocol for derivation and maintenance of high-quality mouse primed pluripotent stem cells using Wnt inhibition

使用 Wnt 抑制来衍生和维持高质量小鼠引发的多能干细胞的简化且有效的方案

• DOI: 10.1002/cpsc.60
• 发表时间: 2018
• 期刊: Curr Protoc Stem Cell Biol.
• 作者: Kondo M;Sugimoto M;Abe K.
• 通讯作者: Abe K.